1993年，周其仁顺利取得经济学硕士学位，沿着既定路线继续深造。两年后，周其仁顺利通过加州大学的博士开题答辩，只等做出论文就可以拿到博士学位了。然而，此事却因一份聘约“搁浅”了--毕业之际，周其仁受到召唤，毅然回到离开6年的祖国，前往北大任教。

周其仁早就知道，“自己当不成象牙塔里的学问人”。无论国外多么安逸、惬意，他都不可能对国内发展无动于衷。更何况，他原本就是带着一大堆问号前来求学的，当心中的这些问号消除之后，似乎就没有必要因为一个学位继续留下去了。于是，他延缓答辩时间，先期回国。

这个时候的中国已经发生了翻天覆地的变化，尤其是1992年“邓小平南方视察”讲话的发表，承认了私有经济是社会主义的重要组成部分以后，经济得到了空前的发展，新涌现出的众多经济现象深深吸引了他。

回国伊始，受杜润生老先生邀请，周其仁与老友宋国青带领着学生奔赴黄土高原，参加了一项山西的大型供水工程研究。水作为一项国家所有的“公共资源”，其产权界定是比较模糊的，这项研究历时3年，从水权、水价、水市场、“国家工程”的决策执行等各个层面对水的问题进行了深入研究和分析，关于竞争、垄断、自然垄断等问题，都有了更加透彻的理解。

然而，令人意外的是，周其仁开始在公众领域大放异彩，并非源于对农村、产权等问题的研究。