然而有意思的是：这套经由奥古斯丁亲自参与“编定修改”的“正统宗教原理”，并不是基督教传统哲学思想，而是古希腊新柏拉图主义的延展和变形。约在公元3世纪，所谓的新柏拉图主义（Neo-Platonism）诞生于满布传奇的亚历山大城。学者普罗提诺（Plotinus）融合了柏拉图和毕达哥拉斯等多位古希腊哲学家的独创性思想，总结并提炼出了一套更加完善的唯心主义理论。罗素在《西方哲学史》当中这样评价道：

“普罗提诺在很多方面成功地澄清了柏拉图主义，坚定地发展了他所主张的那种理念，提出了尖锐的反唯物主义论据。他具有一种能够藐视感官世界的世俗生活，而从思想甚至是想象当中去获取幸福的能力。因而其哲学有个重大缺点：单纯鼓励人们去关照内心世界却忽视了外界的存在。这导致了唯心主义思想不断地增长。普罗提诺学说是古希腊文明的终结，但同时又是基督教世界的启蒙与开始。”

圣奥古斯丁恰恰是偷师了这套哲学理念，并以此为基础建立了今人所熟知的基督教义——尤其是天主教教义。而新柏拉图主义当中“关照内心世界却忽视外界存在”的重大缺陷亦被这位博士全面继承。奥古斯丁甚至认为：所有包含理性的、关于自然世界的科学知识及其相关应用技术都是“人类灵魂生存于尘世之中的某种无奈”。

正是“恩典博士”这一套藐视科学与技术的“正统宗教原理”将西方拖入了一场近千年的文化大萧条。对于知识的排斥，使得欧罗巴在宗教的诱拐之下，逐渐走入了愚昧甚至野蛮的封建牢笼。直到13世纪初，欧洲人才从十字军东征所抢回的战利品当中“重新邂逅”了本该属于自己的宝贵文化遗产。而这次重要的“邂逅”直接导致了一场以光复古希腊文明为其革命宗旨的划时代伟大运动：“文艺复兴”。

大量失而复得的古典思想，尤其是亚里士多德的哲学体系，在基督教世界掀起了一场取代新柏拉图主义的文化风潮。为调和这场时代冲突，托马斯·阿奎纳及其诡辩哲学横空出世。在稍显短暂的一生当中，这位“天使博士”成功地将亚里士多德的自然哲学观点融入了以新柏拉图主义为理论基础的基督教神学，并有效地建立起一整套“严肃且不容置疑”的自大狂理论；而其中最有名气的“宗教真理”就是“地球中心说”。似乎是为了“确保”科学对基督教宣战，托马斯·阿奎纳还发展出著名的“神学婢女理论”：

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“首先，神学在其题材上高于哲学。哲学只能研究人之理性所能够涉及的内容，而神学可以研究超越理性的至高无上之存在。（这里所谓的‘哲学’包括自然哲学即科学）”

“其次，神学在确定性上高于哲学。哲学的确定性来源于人之理性的本性之光，难免会犯下各种各样的错误；而神学的确定性来源于上帝的光照，是决然不会犯错误的。”

“第三，神学之目的明显高于哲学。哲学之目的纵使再高尚也不过是服务于国家政治；而神学之目的则是在追求和探索人类永恒幸福。因此哲学以神学为其最终之目的。”

“最后，神学在地位上亦高于哲学。哲学依赖于神学并以其为终极探讨；而神学却得以独立于哲学之外，可以直接来源于上帝之天启。因此神学可以凭借哲学而得发挥，但不是非依赖哲学不可，而仅仅是借助于哲学的服务将自己的义理讲解得更加清楚而已。”

万事已俱备，只欠借东风。一场“新科学革命”等待着哥白尼的诞生。