柏拉图说过，这种哲学是对于神的模仿，当然也是在人力所能及的范围之内。这既是一种理论，也是一种实践性的哲学。不仅可以在自然这本书里见到其踪影，且还隐含在《圣经》里，比如《创世纪》、《诗篇》以及《以赛亚书》等篇章。”

牛顿所说的炼金术似乎并不是一门能够演变成化学的学科，却像一种用于理解宇宙及人类文明起源的古埃及和古希腊的哲学思想。而受过良好教育的中国人和印度人或许能够方便地理解这一套哲学，因为这些有关于“开端”、“和谐”以及“物质终极属性”的深邃观念简直就像是中国文化里的“道”抑或是古印度宗教中所反复强调的“梵”（Brahma）。无论是中国的“道”还是古印度的“梵”，都是机械唯物主义者不屑一顾，却又从未能理解的传承了至少五千年之久的“科学奥秘”。

而牛顿亦正是被这种传承了数千载有余的隐秘学问所吸引。他研究炼金术的目的就是为了寻找“深藏在已知文明历史背后的足迹”。而汉斯·魏尔纳·舒特在其《寻求哲人石：炼金术科学文化史》当中指出了牛顿“误堕炼金术泥淖”的原因：

“牛顿真正研究炼金术，研究的也是真正的炼金术。他和波意耳（Robert Boyle）不同。作为化学家的波意耳试图搞清楚他那个时代炼金术士的研究和秘密；而牛顿却和许多职业炼金术士一样：他相信作为一门古老的艺术，炼金术当中隐藏着太古时代以前的大智慧，甚至包括神学的智慧；而这些大智慧以密码的形式被一代代人保存和流传了下来。”

“牛顿坚信只有通过物质的‘死亡’还原到哲学意义的‘混乱’，即到最原始的物质，这些组成宇宙的基本成分才能获得新的生命。而炼金术操作中则包含了自然生命过程中的所有步骤。谁能够解开炼金术士们为了达成其意愿而试图利用物质基本内部结构的秘密，谁能够发现积极而又神圣的精神力量之所在，谁就成为真正的先知：一位有能力将古老的散布各处的因而也是隐藏的智慧收集并破解，进而从中凭空创造出最高级智慧的先知！”

这些隐匿了千年的“大智慧”激发了牛顿。他作为一名物理学家的严谨与热忱被炼金术所蕴含和展现的“渴望理解世界之本源构成”的思想彻底调动。毕竟，全部物理学知识都只为了一项任务而存在：解读构建宇宙的物质。

作为一名哲学家，牛顿渴望能获得真知。而如果破解宇宙奥秘与收获超凡智慧有机会同时达成，那么无论其充满了多少艰难险阻也值得大胆尝试。传承自古埃及的玄学炼金术正好提供了实践机会，牛顿亦毫不犹豫地投身于这项极易引人误解的伟大事业当中。然而事实证明：钻研炼金术能够取得惊人的成就。按照约翰·梅纳德·凯恩斯的话来说：就连万有引力定律似乎都是牛顿“倒腾炼金术时所发现的副产品”。而牛顿曾经公开发表的两本科学巨著，即《自然哲学的数学原理》（Philosophiae Naturalis Principia Mathematica）以及《光学》（Opticks）亦为后人们留下了“赫尔墨斯主义气息十足的玄学论断”：

“太阳、行星、彗星所组成的这个最美丽的系统只可能是在一位最富智慧、最具权能的上帝计划支配之下才得以发生。若其他恒星也处于类似于太阳系系统的中心，也只可能是出于上帝之心意。而一切亦都在上帝的管理之下。”（《自然哲学的数学原理》总附注）

“若一切物质都是上帝所创造的，而我们竟然还要在其他地方去尝试寻找世界的起源，或是假装自然定律会让世界从一片混沌当中产生。这样做并不符合科学精神。”（《光学》）

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《最后的炼金术士：牛顿传》之作者迈克尔·怀特在其书中明确地指出：神秘主义是牛顿思想中的重要成分，有关炼金术等“非科学”的学术探讨对现代科学理论的诞生起到了非常之重要的促进作用；正是通过这些“非科学”的研究，牛顿才获取了超凡的哲学灵感，完成了一系列思想转变，联想到了物体之间存在着超越时空距离的内在维系，从而完成了其“构造”万有引力定律的最后一环。极具讽刺意味的是：后世科学家们借助于牛顿建立的“理性体系”最终“销毁”了赫尔墨斯主义赖以生存的土壤。“科学神话”遂成为了所谓文明。