对达赖反复进行开导，但达赖的思想并没有真正地转变。所以在1959年3月10日发生的西藏叛乱中，达赖还是出逃到印度去了。尽管如此，当时以毛泽东为首的党中央，还是希望争取达赖回国。1959年4月，在第二届全国人民代表大会第一次会议期间，毛泽东在接见班禅和阿沛·阿旺晋美等人时说：

本来我们要根据和谈协议逐步改变西藏的落后面貌。一九五六年年底我们说过，从一九五七年起六年内，西藏可以不进行民主改革，连试点也不搞，六年后改不改革，要根据那时的情况，由西藏上层和人民群众共同协商解决。可是达赖不高兴，叛逃了，这件事是我们所不希望的。但只要他们回心转意，我们还是欢迎的。[2]

正是在这种思想指导下，所以二届一次全国人代会还是决定保留达赖全国人民代表大会常务委员会副委员长和西藏自治区筹备委员会主任委员的职位。直到1964年12月下旬，三届人大一次会议上，才撤销他的这些职务。