《新青年》主张白话取代文言，一石激起千层浪。最能体现蔡元培的思想和风度的，莫过于对待《新青年》编辑同仁与林纾、张厚载关于白话文言之争。

胡适、陈独秀发动文学革命运动，宣称"文言是死文字"、"古文是死文学"，章门弟子钱玄同，服膺于新文化阵营，以激进的言论，咒骂骈文之学和古文之学为"选学妖孽，桐城谬种"，选择林纾为靶子，引蛇出洞。被击到痛处的林纾拍案而起，赤膊上阵，站到了新文化运动的对立面。事实上，林纾并不反对白话文，主张白话文言两存并宜，他在新旧之争中，为名教而争，"敝国伦常及孔子之道仍必力争"。1924年，林纾去世后，胡适在《晨报》发文纪念，文中有公允之论："我们晚一辈的少年人只认得守旧的林琴南而不知道当日的维新党林琴南；只听得林琴南老年反对白话文学，而不知道林琴南壮年时曾做很通俗的白话诗，--这算不得公平的舆论。"钱玄同与刘半农自编自导的双簧戏，骂阵在先，激怒了林纾。林纾的出招更加激烈，作小说《荆生》《妖梦》，以恶毒的方式影射新文化运动的新潮人物。

《荆生》写了三个书生：皖人田其美，影射陈独秀；浙人金心异，影射钱玄同；新归自美洲的狄莫，便是隐指胡适。"三人称莫逆"，聚于北京陶然亭畔，饮酒歌呼，放言高论，掊孔孟，毁伦常，攻击古文。于是"伟丈夫"荆生破墙而出，将三人痛打一顿，让他们滚下山去。时人多认为荆生是安福系主要干将、陆军部总长徐树铮，林纾希望徐树铮"能运用政治上的力量来打击新思潮的人物"。但也有学者认为，荆生不过是林纾想象中有点美化了的自我，是林纾的夫子自道（林纾幼时曾习武，其小说里常有好习武的读书人）。

《妖梦》状写三个"鬼中之杰出者"，任职阴曹地府白话学堂：校长元绪，影射蔡元培；教务长田恒，影射陈独秀；副教务长秦二世即胡亥，隐指胡适。白话学堂大门有联语："白话通神，红楼梦、水浒，真不可思议；古文讨厌，欧阳修、韩愈，是甚么东西。"白话学堂还有一"毙孔堂"，联语云："禽兽真自由，要这伦常何用；仁义太坏事，须从根本打消。"对此三鬼，小说让"罗睺罗阿修罗王"将他们吃掉，并让他们化为臭气熏天的粪便。并声称，这些"无五伦之禽兽不可放，化之为粪，宜矣"。

林纾的还击手法，是丧失学者理智与风度的人身攻击，令士林学界不齿。其影射蔡元培为元绪公，何谓元绪？周作人在《知堂回想录·蔡孑民(三)》中说："元绪公，即是说的蔡孑民，因为《论语》注有'蔡，大龟也'的话，所以比他为乌龟，这元绪公尤其是刻薄的骂人话。"面对林纾如此卑劣的攻击，蔡元培仍能心平气和，有"无所不容"的雅量，写出一封公开信，这招如同太极拳，柔中带刚，可见其风度。