１９９１年８月，在前苏联局势最为动荡的时候，“阿尔法”部队曾接到当局指示，要求其进攻议会大厦“白宫”并逮捕叶利钦。但许多队员认为此举会造成滥杀无辜，伤人太多，因而抗旨不遵。后来，据一位当时的“阿尔法”部队指挥官透露，如果政变领导人下定决心于１９日当天进攻议会大厦，应该说还是具备很大的成功概率的。但时不我待，过了这一天，就根本不可能成功了。事件结束后，“阿尔法”领导人被革职查办，队员停发两个月薪金，全队进行深入整顿。苏联解体以后，已是俄罗斯总统的叶利钦深知“阿尔法”的救命之恩，遂将颇受自己赏识的“阿尔法”从克格勃中召至麾下，隶属于总统警卫局，专门负责总统安全保卫工作，直接受自己指挥。

然而仅过了两年之后，“阿尔法”便失宠于叶利钦。到了１９９３年１０月，叶利钦与议会矛盾激化，以副总统鲁茨科伊和议长哈斯布拉托夫为首的反对派聚集在议会大厦，与叶利钦分庭抗争。叶利钦竟然下令“阿尔法”进攻“白宫”，“阿尔法”再次跌入政治旋涡。“阿尔法”再次“抗旨不遵”，拒绝执行叶利钦攻打号称“白宫”的俄议会大厦的命令，而是尽自己所长与议会保卫者们展开了谈判，为他们提供了个人安全保障，促使几百名议员和普通公民主动撤出了议会，避免了事态恶化和进一步流血。此后，“阿尔法”由于拒绝执行总统命令而失宠于叶利钦。同年年底叶利钦签发总统令，将“阿尔法”剔除总统警卫局，重新回到国家安全总局的旗下，担负反恐怖任务，直至今日。

１９９１年“８·１９”事件后，随着前苏联克格勃解散，克格勃所属的职能部门相继成为俄罗斯独立的安全保卫机构。“阿尔法”特种部队的归属问题也随之发生过多次变化。最初，“阿尔法”特种部队是直属于俄罗斯总统管辖，即俄罗斯总统安全委员会管辖的。与此同时，在前苏联克格勃九局的基础上组建了俄罗斯警卫总局，其中的大部分人员来自“阿尔法”特种部队。而后，“阿尔法”特种部队脱离俄罗斯警卫总局，由俄罗斯内务部临时代管。最终，“阿尔法”特种部队归属俄罗斯联邦安全局反恐怖局管辖，但在各地区的“阿尔法”特种部队的归属权例外，他们直接由俄罗斯总统领导。

正如”阿尔法”部队前指挥官、“阿尔法”部队老战士联合会主席贡恰罗夫所言，自组建以来，“阿尔法”部队在战斗行动中还从未失败过。但近年来，由于屡屡抗令不遵，“阿尔法”部队也引起政界一些人士的非议和责难。再加上近年来一些恐怖事件的危险性不断上升，“阿尔法”部队及其成员所面临的处境也越来越困难。目前，“阿尔法”特种部队突击队员可以授予中尉至上校军衔。鉴于任务特殊和功绩显赫，“阿尔法”特种部队突击队员可以破例享受３５岁退休的待遇。

尽管从一个入选者到一个合格成员必须历尽艰辛，但俄罗斯反恐怖特种部队“阿尔法”别动队战士们的战斗生涯并不长久。当然，并不是因为这些反恐怖行家经常牺牲在执行任务的岗位上，恰恰相反，作为训练有素的职业专家，他们只有在极少数情况下才会“被允许”牺牲。由于人的肌体无法承受长期从事这种紧张工作所带来的沉重的身体和心理压力，“阿尔法”部队的战士到３５岁时便成了疲惫的老兵，因此不得不提前从这份艰巨的工作中退役。

目前，“阿尔法”特种部队队长由亚历山大·古谢夫中将担任。“阿尔法”特种部队已成为俄罗斯反恐怖活动的一张王牌。任何一次绑架、劫机事件发生后，人们马上想到的就是“阿尔法”别动队。“阿尔法”别动队也总是乘飞机迅速赶到现场，与犯罪分子周旋，捕捉到时机后，果断出击，成功地完成了一次又一次惊险的任务。

总之，“阿尔法”特种部队在俄罗斯境内就像一面张开的鱼网，可随时反击恐怖分子制造的种种事端。前苏联解体之前，“阿尔法”特种部队已经从初建时期的３０人扩编到５００人。目前，“阿尔法”别动队有成员约７００人，其中包括一支２５０人的精锐部队和几支较小的分遣队。