官制改革是属于新政改革范畴，远远还未涉及政治层面，但却是一次权力的再分配过程，牵涉到帝国所有官员和集团的利益，因此阻力至少来自三个方面，一是各部大员；二是各部司员；三是满族官员。

反对派的主角之一为军机大臣铁良、荣庆。他们本不反对立宪，但是涉及具体改革步骤时，则直接造成了立宪的延宕。如果成立责任内阁，规定官员不得兼职，荣庆则只能专任学部尚书，政治地位下降，铁良出任内阁副总理，其财政权和兵权将同时失去，因为他此时身兼户部尚书与练兵处会办等要职。铁良声言“立宪非中央集权不可，实行中央集权非剥夺督抚兵权财权，收揽于中央政府则又不可”，他的攻击矛头直接对准了袁世凯、张之洞等地方督抚要员。

为了达到自己的政治目的，反对派甚至煽动太监起来闹事，宣扬说一旦改革官制，所有宫监都会受到驱除，内务府也要裁撤。这个在中国极端专制体制下存在了千年之久的特殊群体闻风而动，来到慈禧太后面前泣诉，一向对汉族官僚崛起心存妒忌的宗室王公、贝子们这个时候也把攻击表面化。

慈禧太后被干扰得寝食俱废，竟然对人说：“我如此为难，真不如跳湖而死。”这不单是个人的疲倦，也显示出一个体制的疲惫。为了避免更大的动荡，清政府宣布了官制改革中的五不议原则:第一，军机处之事不议；第二：内务府事不议；第三：八旗事不议；第四：翰林院事不议；第五：太监事不议。