1906年11月6日，清政府发布了最终裁定的中央官制改革方案，并称本次改革的目标是：“清积弊、求实事、去浮文”等等，最终任命奕劻为内阁总理大臣，那桐为会办大臣，瞿鸿禨为会办大臣兼尚书；鹿传麟为吏部尚书；徐世昌为民政部尚书；溥颋为度支部尚书；溥良为礼部尚书；荣庆为学部尚书；铁良为陆军部尚书；戴鸿慈为法部尚书；载振为农工商部尚书；张百熙为邮船部尚书；寿耆为理藩部尚书；陆宝忠为督察院都御史。同时，奕劻、瞿鸿禨仍留军机处，世续补为军机大臣，林绍年以侍郎用，在军机大臣上学习行走。鹿传霖、荣庆、徐世昌、铁良，均须辞去军机大臣职务，专管各部事务。

一方面，改革的程方案没有获得立宪派的认可。但这样的改革毕竟使中国中央政治机构向近代化的方向前进了一步。行政、司法机构开始出现分立迹象；军机大臣职数减少，各部尚书均充参与政务大臣，责权加重，表现处向责任内阁演进的趋向；中央各部只设尚书1人，侍郎2人，均为专职，有利于加强官员的行政责任心、提高行政效率；同时还准备增设资政院、审计院、海军部和相当于参谋部的军咨府，陆军和海军、军政和军令分开，向世界通行体制表现出靠拢姿态。但是与最初袁世凯所主张的改革草案相比，又保守了许多。

草案遭到多方面的否定，其原因是多方面的。

御史赵炳麟曾连疏陈论“立宪精神全在议院，今不筹召集议院，徒将君主大权移诸内阁，此何心哉?”特别是他的《新编官制权属内阁流弊太多折》，紧紧抓住奕劻、袁世凯不设议院，独设内阁这个关键问题，论析如果遵照这样的程序进行官制改革，必然造成内阁正、副总理的奕劻、袁世凯专权的局面。这一论点不但使慈禧太后大为“感悟”、使光绪帝动容。而且此折“敷陈透彻，缅缅万言，两宫动色嘉纳，一时都下传诵殆遍”，可见其政治影响的波及范围之大。赵炳麟自问自答，把袁世凯的居心说得非常明白：“袁世凯自戊戌政变与皇上有隙，虑太后一旦升遐，必祸生不测，欲以立宪为名，先设内阁，将君主大权潜移内阁，己居阁位，君同赘疣，不徒免祸，且可暗移神器。”

赵炳麟的奏折确实阐明了西方议会内阁制中内阁与国会的关系，他宁愿在国会成立之前仍让君主执掌国家大政。但是他更多是从袁世凯的政治动机进行分析，料定袁的图谋在于“暗移神器”，说白了，就是有朝一日袁世凯要篡权。

军机大臣瞿鸿禨虽不公开外露对官制改革的意见，但也紧紧抓住袁世凯“欲乘机行责任内阁制，俾奕劻以总理大臣握行全权”的政治目的，多次“短袁于太后，谓其专权跋扈”，并对其官制改革方案“隐沮之”，他向慈禧进言：袁世凯热衷于设立责任内阁，祸心弥天，万不可批准。慈禧太后最终“采鸿禨之议，仍用军机处制。”