邓荫南，广东开平人，因为在家中排行老三，所以又称邓三。他少年就赴檀香山经商，兼营农业，善于经营，家产丰厚。性格慷慨，乐善好施，同乡人对他很是敬重。并且的邓荫南与孙中山的哥哥孙眉有深厚的友谊。1894年冬天，孙中山抵达檀香山倡议创设兴中会，邓荫南率先加入。据邓荫南自己说，他生平喜欢打猎，枪法极准，能从背后反射飞鸟，百发百中，又能自制炸药、炸弹，大可回国参加反清复汉大业。邓荫南与其兄长邓灿都是三合会会员，邓灿均又是檀香山致公堂执事，兄弟两人都笃信民族主义。因为他的革命热情并且能力出众，孙中山对他非常赏识。

1895年春天，孙中山归国，几个月后，邓荫南卖掉他的全部家产，得到一万多元，也返回了香港，当时来往于香港、广州之间为革命事业效力。等到重阳一役起义失败，兴中会诸位首领纷纷亡命海外，邓荫南也来到躲避到澳门。1898年夏天，得到广西游勇李立亭举兵反满的消息，邓荫南就与尤列、宋居仁等人来到广西策应。但是抵达藤县之后，李立亭的武装已经溃逃，邓一行人不得已折回香港。1900年，史坚如谋划炸两广总督府，邓荫南先期率苏焯南、吴羲如、练达成、张硕臣、温玉山、宋少东等革命同志一起来到羊城，为响应这次行动，邓荫楠担任策反、组织军队及收编附城的绿林军的任务。其中苏焯南是广东番禺人，他是一名基督教徒。因为他的家乡黄埔处于近海地域，是香港轮船的必经之地。革命党人每次私运军械，都由苏焯南事先雇用小船，在黄埔附近从香港轮船上卸下军火后秘密运送到广州。吴羲如则是顺德人，以前在清政府里担任过低级军官，这一次起义他负责策反防营的清兵。练达成的出身是河南船户，也是一名基督徒，他与旗人的关系很深。史坚如在广州旗满街租房及筹备各种布置，都是依靠连达成来出面解决。当时邓荫南等人雇了一艘大花舫（俗称紫洞艇），停泊在沙面江边，白天在船里指挥谋划。还有一个英国人，名字叫摩根，向来有志于“东亚维新事业”，他是孙中山在伦敦结识的。摩根与孙中山约好来华相助革命事业，1900年，孙中山往来于日本、香港、南洋之间，摩经常追随左右，颇为得力。这个时候陈少白安排摩根到广州协助邓荫南等人办事。邓荫南等人用这艘花舫作为起义策划机关，来往于船上的人品类不一，但因为有摩根这个英国人为掩护，警吏也不敢随便过问。吴羲如带领摩根出入于清朝军营及虎门、鱼珠、车尾各个炮台，如果有人查询，就以引导外宾参观为说词，守兵竟然没有阻拦的。当年七八月间，军队与绿林的运动工作逐渐就绪，但是运送军械的人却因为害怕久久不能送达，起义大事几乎因此而夭折。邓、史二人尽力从中沟通斡旋，只能静候时机。岂料惠州三洲田的起义武装被清兵包围，形势猝然更加恶化。轰然一声，义旗高举。邓、史等人情急之下试图响应，但是为时已晚以，不得不图谋暗杀一两名权要，以解惠州义军之围。因为史坚如曾经从邓荫南那里学到了制炸炸弹及爆破方法，所以他愿意单独行动，去轰炸两广总督署，邓与黎礼二人秘密运送两百磅炸药及药线雷管各种专制，苏、练、温、宋等协助史坚如布置挖掘埋炸药等事。九月初五傍晚，总督署后部被炸，后围墙坍塌了十余丈。时任两广总督的德寿在睡梦中被惊醒，从床上堕地，但是并未受到伤损。史坚如从容回到事发地点进行勘察，因此被逮并牺牲。其他人先后逃往香港、澳门。邓荫南在此次起义失败之后，隐居在香港新界屯门新安街，经营农业。1909，革命同志黎仲实曾经到屯门拜访邓荫楠，并借用他的农场试验炸弹。民国建立之后，邓荫楠弃农不耕，移居广州，此后在讨袁、护法、逐莫等战役中，国民党中经常有人借助邓荫南的名号来组织民军。民国九年，陈炯明率广州民军从漳州回到广东后，邓荫楠先后受任东莞、开平二县县长，但是因为他赋性忠厚，常常被属吏欺骗，只是做了几个月的官，就累计赔钱过万，所以到最后他自己急急地主动请求辞职，但是他的那些属吏们却各自积累钱财颇丰。民国十一年，陈炯明、叶举等人举兵叛变，邓荫楠当时退居澳门，忧愤而死，时年已七十余岁。其兄邓灿，到民国十三年还活着。当时段祺瑞政府在北京召开国民代表大会，邓灿还带领檀香山一个华侨团体代表的任务回国参会，已经八十内外的老人了。后来国民政府念及邓荫南生前历年为革命奔走，勋劳卓著，特别明令褒扬，追赠为陆军上将。