1906年冬，即中国同盟会在日本东京成立的第二年，同盟会召集干事会编纂“革命方略”，并讨论中华民国国旗的样式问题，孙中山主张继续沿用兴中会的青天白日旗，其理由为该旗为陆皓东所发明，兴中会诸先烈及惠州革命军将士先后为此旗留血，不可不留作纪念。其他同盟会员也提出他几种方案，有的提议采用五色，以顺延中国历史上的习惯；有的提议用十八星，以代表当时中国的十八行省；有的提议用金瓜钺斧，以发扬汉族精神；有的提议用井字，以表示井田之义。

黄兴对于青天白日，颇持异议，一来因为样式并不美，再者该旗与日本太阳旗相近。但是孙中山争之甚力，并且在原来的方案上增加了红色，改作红蓝白三色，以符世界上自由平等博爱的真义。但因意见分歧太大，到最后也没有解决，后来经过章太炎、刘揆一得设法调解，才算是暂时搁置了争议。于是各种方案均由庶务干事刘揆一保存，这件事情就成了悬案。但正因为悬案未决，到了辛亥革命，各省革命党人按照自己团体的意愿，各树一帜，一时间出现十八星旗、五色旗、井字旗、青天白日旗纷然并起的局面。

后来1907年的潮州黄冈起义、惠州七女湖起义、钦州防城起义、广西镇南关起义；1908年的钦州马笃山起义、云南河口起义；1910年的广州起义；1911年广州诸役，革命党军都用青天白日满地红之三色旗为革命旗帜。

后来辛亥革命发生，武昌新军所用的是共进会制作的十八黄星旗，并非青天白日旗。冯自由当时任旧金山《大同日报》主笔，特意撰文揭示中华民国国旗的历史沿革，并对红蓝白三色的意义作了说明：“红者血之色，言必流血而自由可求也；青者天空之色，即公正之义，言公正即平等也；白者清洁之色，言人心清洁乃能博爱也。”此文后来被上海《民立》《天铎》两份报纸及商务印书馆所印行的革命小册子先后转载。