诟病者则认为，叶淇变法是一种与民争利的行为，它虽然在短时期内增加了政府的财政收入，但到正德元年（1506年）时，屯田纳粮也开始折银，山陕富民都迁往淮浙，使商屯完全退出了边粮供应体系，边防粮食生产量下降，导致银贱米贵。其结果是，政府因叶淇变法增加的财政收入，仍远远不能满足后来因粮价上涨形成的亏空，结果粮食不能就边而仍要从其他地方转运，边粮运输问题又回到了开中制实行之初的情形。

延绥、甘肃、宁夏、宣府、大同五镇原来饷额中屯粮154万石，民运粮114万石。到嘉靖（1521~1566）初年屯粮已下降到57万石，下降53%，民运粮上升到207万石，增长近一倍。

当朝及后世对叶淇变法以负面评价居多，“自叶淇变法，边储多缺”，“赴边开中之法废，商屯撤业，菠粟翔贵，边储日虚矣”，“诸淮商悉撤业归，西北商亦多徙家于淮，边地为墟，米石值银五两，而边储枵然矣”。

叶淇变法的弊病，让为数不少的历史记载迁怒于叶淇和身居首辅大臣之位的徐溥徇私乡情、偏袒同乡。被引用较多的文献是《续文献通考》，其在《盐铁》一节中这样记载了叶淇变法的来源：“盐商皆其视识，与淇言：‘商人赴边纳粮，价少而有远涉之劳；在运司纳银，价多而得易办之利。’淇然之。”叶淇又将商人的这一建议请示了首辅大臣徐溥，因溥与淇“交最厚”，故亦同意。“淇遂请台商纳银公司，类解太仓，分给各边”。

安徽师范大学历史系张海鹏认为，虽然该书未能明确指出建议叶淇变盐法的是何地商人，但可以肯定，那是徽商无疑。因为在两淮经营盐业的主要是山陕商人和徽商。原来的开中纳粮政策于山陕商人方便，于徽商不便。山陕商人在边储纳粮，地近而费力少，只有徽商才有“远涉之劳”。纳银于两淮之后，徽商地近两淮，才能“得易办之利”。

《明史考证》中记载：部臣叶淇，见贾人输薄而获利厚，遂奏令纳银运司解部，部分输各边，于是商各归散。淇淮人，盐商多淇婚媾，故为奏改输银运司，司以解部，部以饷边，以为年例云。

关于徽商参与变更盐法的事情也多有记载：嘉靖年间，徽商黄崇德是一位通经研史的商人，他先“商于齐东”，后转徙两淮经营盐业。他博览古今，从《春秋》、《管子》之书到东汉盐铁之论，从唐宋食货之志到明朝的《大明会典》均有涉猎。因为熟谙历代盐法，所以黄崇德才能参与盐法的修订，盐运司才愿意采纳他的意见，而山陕商人好夸夸其谈（“唾奇画策”），言法不及徽商。

与黄崇德同时代的盐商程正奎，也在两淮经营盐业。他不仅参与盐法的改革，而且还能从理论上讲述其独到的见解。以往的盐法对灶户逃亡、盐课大减这种情况没有兼顾，他就提出通融变法，但因与成法不合，有人以高皇帝法胆敢变理为由称“祖宗之法”不可变。

程正奎应对说：“高皇帝法迄今数十百年，法穷矣。穷则变，变则通，庶可为长久计。故变则法在，不变则法亡。”结果，“有司以便宜请，诏从之”，他变更成法的建议，既有利于国家，也有利于灶户，所以得到了皇帝的认可。

有中国近代清史学科杰出奠基人之称的孟森（1869~1937），也在他的《明开国以后之制度》中直言不讳：“当时近淮之豪民，怂恿变法，不任饷边之劳，而欲占行盐之利，以增课之说动叶淇，淇以乡情而中其说。”

在南京大学历史系教授范金民看来，徽州盐商之所以能够称雄淮扬，基本原因并不能归之于实行并不久长的弘治叶淇变法，也很难归之于之后突然实行的纲盐法，很可能应该归之于明朝中后期两淮盐业的运作实态和徽商的所作所为。由边商到内商，到内商之有力者，到囤户，到纲商，徽商是在盐商的不断分化过程中占了先机而逐渐称雄的。

暂且不说徽商雄起是不是因为盐商分化所致，从明皇帝、叶淇、徐溥与徽商之间的微妙关系来看，要完全撇清徽商兴起与乡情执掌下的盐业新政之间的关系，并不现实，但如果一味拿叶淇变法与开中制相比，无视折色制实施前开中制业已存在的问题，无视发生在明朝的顺应世界潮流的，从西部、沿海再到北部边区的白银货币化现实，任何对叶淇变法的评价都失之偏颇。

徽商第一次成批来到两淮就是在弘治到万历年间。最早到达两淮业盐的徽商是歙县人，大约在朱元璋、朱棣年间。朱元璋入皖缺饷时，歙人江元就一次助饷银10万两。

在徽商中，盐商主要来自歙县。从朱元璋时代到成化年间，徽商子弟的登科比例中，出自歙县商人家庭的就高达90%以上。其他徽商如典当商主要来自休宁，祁门商人以茶商为主，婺源商人以从事茶叶和木材生意而著称。