盟军总司令部以逮捕战争狂人东条英机为开端，先后将对发动太平洋战争负有责任的东条内阁的阁僚岸信介等39人全部逮捕。其中厚生省大臣小泉清彦于9月13日剖腹自杀。文部省大臣桥田邦彦服毒身亡。 此外还有陆军大将山下奉文、陆军中将本田雅晴作为菲律宾的战犯，被押上军事法庭判处死刑。

由于战犯自杀之事不断发生，盟军总司令部决定改变方式，不直接插手，而是通过日本政府进行逮捕。

盟军总部对战犯的追究是毫不留情的。11月19日，原陆军大臣荒木贞夫大将、原首相小矶国昭、原陆军大将松井石根、原外务大臣松冈洋右、原邮电大臣久原房之助等11人被捕；12月1日，皇族梨本宫守正、原首相平沼骐一郎、广田宏毅、大藏大臣池田成彬、评论家大川周明、德富猪一郎、原国务大臣绪方竹虎、下村宏、《读卖新闻》社长正力松太郎等59人被捕。

全部高级战犯与多数被俘军官、士兵一同收容在巢鸭监狱。大战犯一人独居一室，其他战犯二至六人同居一室。室内卫生由战犯自己打扫，看上去倒也干净整齐。

战犯们的生活不但不苦，而且安排得颇为舒适。他们的伙食，也是那些由于长期的战争而导致物质极度匮乏的日本百姓所无法享受到的。

每天早晨6时，美军看守便拎着大串的钥匙，稀哩哗啦地开门， 一面用生硬的日语催促战犯起床：

“喂，东条英机，起来！”

“哎，土肥原贤二，起来！”

……

战犯们起床后，先是漱洗、入厕、打扫卫生，然后在院内做体操。做操时，有的只是敷衍了事，有的则又认真又卖力。贺屋兴宜和桥本欣五郎就是“体操迷”，哨音与响，他们总是最先跑到院子里。他们起床时懒洋洋的，一做完体操就来了精神。最怕做操的是前外相重光葵，因为他只有一条腿是真的，丢了手杖便站立不稳。

做完操之后是开饭。一日三餐，无论大将还是中尉、小队长，一律拿着自己的餐具在走廊里排队，等候美国宪兵分配饭菜。军界森严的等级制度，在这里已不复存在，大小战犯颇有“同甘共苦”的味道。

早餐有粥、日本酱汤、煮鸡蛋，以及葡萄干、糖枣等。每星期还有一次西餐，吃的是法国面包与咖啡牛奶，水果则是天天都有供应。