“意”是超越的纯粹至善之绝对自肯，故是“心之所存”，而非“心之所发”。心之所存主而不逐物者，是“意”（意根）；心之所发逐物而起（即躯壳起念）者，则是“念”。（1）意是绝对善的意，是善的自肯，是谓“一机”。善的意，既好善，亦恶恶，是谓“互见”。（2）念是逐物而起，逐于此则著于此，逐于彼则著于彼，故“两在”。念之好，是著于此而不著于彼（好善不好恶），念之恶，是不著于此而著于彼（不恶善而恶恶）；念之好与恶，各与物凝成一特殊之限定，故曰“异情”。“互见”是一机二用，“异情”是善恶两分。

盖念之好恶亦可有善的，但不必善；即使是善，亦是相对的限定之善（事上之善）。而意为心之所存，由好善恶恶而见，故意乃纯善而无恶者。其有善有恶者，乃是心之所发的念。以是，蕺山亦立四句教：“有善有恶者心之动，好善恶恶者意之静，知善知恶者是良知，有善无恶者是物则。”按，“物则”二字本于《大雅?蒸民》之诗。物则即天则，天则即是意知独体所呈现或所自具的、体物不遗之天理。

蕺山之意，盖以良知呈现，一体平铺，不免有显露之感。又因良知天生现成，人或不免轻易视之。今摄知归意，良知藏于意根诚体，将良知紧吸于性天，如此乃可保住良知之奥秘性，使人戒惧慎独，而有“终日乾乾，对越在天”之象。此即蕺山必摄知于意，以言诚意学之故。

二、诚意慎独，归显于密

蕺山诚意慎独之学，直本于《中庸?首章》与《大学?诚意章》而建立。他既不似朱子之就格物致知而开出“道问学”之途径，亦不似阳明之扭转朱子格物致知之讲法，而开出“致良知”之途径。致良知是由道问学而内转，而诚意之教则又就致良知之内而再内转，此之谓“归显于密”。

《明儒学案》载蕺山之言曰：

《大学》言心不言性，心外无性也。《中庸》言性不言心，性即心之所以为心也。《中庸》之慎独与大学之慎独不同。《中庸》从不睹不闻说来，《大学》从意根上说来。

独是虚位。从性体看来，则曰莫见莫显，是思虑未起，鬼神莫知时也。从心体看来，则曰十目十手，是思虑既起，吾心独知时也。然性体即在心体中看出。