在个人的科举功名上，熊希龄固然春风得意，而且注定要有个好的前程，但他中进士的那一年，很不幸，正是甲午战争的惨败之时。一向为中国人所蔑视的东洋小日本居然一举打败了泱泱中华老帝国，这无疑是在熊希龄这些读书人中间丢下了一颗原子弹，让他们既感到极度的震惊，又迸发出无比的激愤。在得知清廷即将与日本签订丧权辱国的《马关条约》后，熊希龄尽管是人微言轻的新进官员，但他仍多次上书反对和约，在朝廷不为所动的情况下，熊希龄愤而请辞离京，回到了湖南老家。

在惨痛的失败面前，不仅仅是熊希龄一个人陷入了迷惘与沉思。同期中式的康有为，还有他的弟子梁启超等人都在高声疾呼变法自强，而当时的湖南，也有这么一批人走上了同样的道路。1895年，名孚一时的清流派官员陈宝箴出任湖南巡抚，曾在同文馆学习外事的翰林院编修江标主持湖南学政、曾任驻外使馆做过参赞的黄遵宪出任湖南按察使，在这些新派官员的引领下，湖南的风气为之一新。

离京后的熊希龄，最初被张之洞延揽进入两湖营务处，在湖南新政开始后，熊希龄为报效家乡，又辞去营务处总办的职务，并全身心地投入到湖南的维新运动中去。当时的长沙，已经聚集了一批维新人士，包括谭嗣同、唐才常，乃至康有为的名弟子、当时舆论界的风云人物梁启超也加入了当地创办的时务学堂，而时务学堂的总理，正是熊希龄。

在这段时间，熊希龄始终在不知疲倦地忙碌着，他除了要打理时务学堂和南学会之外，更多的精力却放在了《湘报》上。《湘报》是湖南所创办的第一份报纸，在熊希龄的眼中，这就是开启民智的最佳利器。为此，熊希龄上下奔走，百般筹划，从订购机器、印刷活字，到制定章程、邀集撰述，无一不倾注了他的一片苦心。

1897年11月下旬，熊希龄通过汪康年在上海订购的印刷机器终于被运回了长沙，主要撰稿人也已经初步选定：唐才常任主笔，李维格为西文翻译，梁启超、谭嗣同、何来保、戴德诚、樊锥等人也都答应为《湘报》撰稿。另外，湖南的官绅名流如陈宝箴、黄遵宪、皮锡瑞等人乃至一些时务学堂的学生，也都在《湘报》上刊登文章，足见熊希龄的不懈努力和号召力。

作为湖南的第一份报纸，《湘报》最终于1898年3月7日正式创刊，由此成为湖南维新派的主要舆论阵地。在发刊伊始，《湘报》便先后发表了樊锥的《发锢篇》、《开诚篇》和易鼐的《中国宜以弱为强说》等文章，其中直截了当地提出要“唯泰西是效”、“一切制度悉从泰西”，毫无疑问，这是主张“全盘西化”的先声。

《湘报》的舆论声势在守旧派中间造成了极大的恐慌，他们纷纷上书湖广总督张之洞及湖南巡抚陈宝箴等高官显要，攻击熊希龄等人“以夷变夏”、“动摇国本”，犯下的是杀头的罪行。原本支持维新的陈宝箴在读到这些文章之后也不免大惊失色，他随即转告熊希龄，令其收回救正。由于熊希龄不肯照办，陈宝箴便停发了每月拨给《湘报》的200两银子，令其陷入资金不足的窘境。财源被断，熊希龄只好离开了《湘报》。

一个月后，“戊戌政变”突发，光绪皇帝被慈禧太后软禁，维新志士谭嗣同等人喋血街头。作为湖南新政的风云人物，熊希龄难免要被追究，好在他在这段时间里因饮食不慎而突发痢疾，正好回老家养了一段时间的病，不然的话，以他的个性，弄不好就撞在枪口上。不过，死罪可免，活罪难逃，御史黄桂均随即以“康梁党徒”的罪名参了他一本，熊希龄最后受到了“革职永不叙用，并交地方官严加管束”的处分。对此结果，熊希龄尚感庆幸，正如他后来对人说的，“向非一病，当与六君子同命成七贤矣！”

遇此挫折后，熊希龄便匿迹衡阳、沅州等地闭门读书，夹起尾巴来做人。数年后，那些顽固守旧派因在庚子年闯下大祸而土崩瓦解，慈禧太后为了挽回民心，不得不接过了维新派的旗帜推行新政，熊希龄也在无形中得到了解放。