在舆论的煽动下，各省都督、绅商代表也纷纷致电南京临时政府，对定都南京表示异议。就连一贯主张建都武昌的黎元洪，这时也改口支持北京定都，“以免酿成大患”。而南方革命军中的许多将领如浙军司令朱瑞、粤军司令姚雨平、第一军团长柏文蔚等也纷纷发表通电，主张临时政府建在北京为妥。

孙中山接到电报后，心里倒是乐意袁世凯辞职不干，但他不能自作主张，于是便将袁世凯的电报交与临时参议院讨论。临时参议院的议员们对定都南京一事也无甚决心，或许是他们认为孙中山的想法太天真，或者急于维系来之不易的和平，结果对于定都一事迟迟不能定案，最后只好用投票的方式来决定。

投票的结果出人意料，参议院以二十票的压倒多数否决孙中山的主张（北京二十票，南京五票，武昌两票，天津一票），而参与投票的议员大多数为同盟会员。孙中山得知这个结果后极为愤怒，据《胡汉民自传》中称，“先生（指孙）召克强（即黄兴）至总统府，让之。克强亦谓党中不应有异议。先生遂召集院中同志黄复生、李伯申、邓家彦等为评言其得失，则皆唯唯。依参议院法，须政府再交议院，始能推翻原案。邓、黄等以是请。克强遽曰：‘政府决不为此委曲之手续，议院自动的翻案，尽于今日；否则吾将以宪兵入院，缚所有同盟会会员去。’是日适祭明孝陵，遂请先生上马出府。余称病不从行，而就府中草文书，交院再议；一面飞白先生”。

在黄兴声称要率宪兵队进参议院把所有同盟会籍的议员们绑缚起来及老会员吴玉章等人的疏通下，临时参议院再次投票，最终以十九票对十七票的结果通过了以南京作为临时政府地点的决议。不过，从这事可以看出，革命党内部意见也不甚统一，在孙中山提出必须实现定都南京等三个条件的同一天（2月13日），革命党人自办的《民立报》发表了《建都私议》的社论，提出八大理由来论证首都宜建于北京。而在谈到迁都问题时，广西同盟会员马君武怀疑宋教仁倒向袁世凯，出卖革命，于是对宋教仁“言语讨伐”，争执中，宋教仁怒而打了马君武一耳光，马君武奋起还击，重伤宋教仁左眼，也算是一段革命逸史。（胡汉民在《自传》中云：“宋以是质马，而亟批其左颊，马还击，伤宋目。宋入病院，旬日始愈。”）

袁世凯“退归田园”的威胁并没有动摇孙中山要袁世凯南下就职的决心，为促使袁世凯尽快到南京就职，孙中山派出以蔡元培为团长，刘冠雄、钮永建、宋教仁、王正廷、汪精卫等人为成员的专使团前往北京，迎接袁世凯南下。等专使团到北京后，袁世凯倒是给予了盛情招待，但对于南下就职一事则模棱两可，只以“竭诚尽力，早日南行”相搪塞。

不料在专使团到达北京的第二天晚上（2月29日），城北突然传来数声炮响，随即便是人喊马嘶，大火熊熊，街道上突然冒出成群的大兵。这群人一路上呼呼喝喝，沿途纵火抢劫，有些乱兵还冲到专使团的住处，吓得蔡元培等人慌忙逃到六国饭店避难，情状极为狼狈。

第二天查明，发生兵变的是曹锟统制的北洋第三镇，他们原本驻扎在北京城外，不知何故突然冲进城内，跑到东城和前门一带大肆哄抢，一路焚烧，还跑到专使团所住的煤渣胡同胡闹。到下半夜，兵变继续扩大，西城、北城也发生骚乱，当地的土匪闻风而动，趁火打劫，而部分巡警也加入了抢劫的行列。等到清晨，被砸被抢的店铺、钱庄、民居已经有数千家，还有几百间房屋被焚烧，似乎是为了掩盖抢劫的痕迹。

这次兵变，是不是袁世凯一手导演，目前还没有确凿证据。不过，坊间倒有个传闻，说是袁世凯的长子袁克定曾找几个北洋军的将领商议，说如果家父南下就职的话，到时直隶都督就要由别人接手，届时北洋军恐怕要被裁撤一部分，对大家很是不利；要想不让家父南下，首先是要把南方专使团给赶跑。曹锟等人听后，大为恼火，便说：“这事也不难办，只要我们让弟兄们趁夜把专使团的住处围一围，放两枪，把他们吓跑就是。”袁克定说：“只要你们一闹，到时就算专使团不跑，东交民巷的外交团也会出来抗议，届时家父就走不成了。”