还有人说，在兵变的第二天早上，正当唐绍仪向袁世凯汇报情况的时候，曹锟突然推门而入，向袁世凯报告说：“昨奉大总统密令，兵变之事已经办妥！”袁世凯见曹锟说漏了嘴，起身大骂道：“胡说八道，滚出去！”

目前的历史书大多将这次兵变指为袁世凯的预谋，但又语焉不详，缺乏直接的史料的证据证明，似有“因人定罪”之嫌疑。因此，也有部分史家反对这次兵变系“袁世凯策划”之说，如台湾学者吴相湘就曾在他的著作中说：“自来论北京兵变者大多以为袁氏所主使，甚至有指出此乃用杨度计者。然以今论之则均不免挟意气成见之讥。以天下众恶皆归之袁，固非历史真相也。”

蹊跷的是，这次兵变虽说抢劫的规模很大，但似乎是专门冲着有钱的地方而去，特别是城中的银号，更是一网打尽，遭灾最重，就连官府的存银处也遭到抢劫。据后来的统计，乱兵们在当晚的骚乱中至少抢走300万以上的银两。更令人奇怪的是，在当晚的兵变中，袁世凯那些主管北京治安的亲信们毫无动作，譬如掌管警政的赵秉钧在当晚传令全城巡警一律撤岗，不得干涉，以至于不少巡警自己都参与了抢劫活动。

当时任京畿五路备补军管带并亲历此事的冯玉祥在回忆录中说，“这天的兵变，最初是从东城铁狮子胡同总统府爆发，变兵是第三镇全体。起事的时候，他们把总统府团团包围，又撞进去放了一排乱枪，接着便大举抢掠，府中比较珍重的东西，搜刮净尽，连窗户什物也都捣毁一空。袁世凯的卧房也被击破了一角。这样闹了一阵，他们怒犹未息，又大举纵火，接着南北两城也陆续起火。”

冯玉祥认为，说这次北京兵变的主谋是袁世凯，显然是高估了他的实力，因为袁世凯在回乡数年后，已经失去了控制第三镇的能力，何况第三镇的军纪本就极坏。据冯所说，导致这次兵变的直接原因是“段芝贵减饷”一事，因为按之前的惯例，军队开拔前士兵每人加饷一两，“现在段芝贵却凭空把这一两银子减去。一两银子似乎算不了什么，可是在士兵的眼中，却非同小可。因为他们天天盼望的就是关饷。饷下来，扣除了伙食费，还剩得多少，他们一切打算和指望就都放在这上面。如今平白少去一两银子，这实在比要他们的性命还要严重。减饷的消息一传下来，士兵们无不愤激，口里不住地咒骂，算是袁世凯的八代遭殃，给他们骂烂了”。

但冯玉祥同时也认为，“这次的兵变，减饷的事实在是一个导火线”，根本的原因还在于以下几点：“第一，满清政府虽已推倒，中华民国的金字招牌虽已挂了出来，可是整个社会的实质和政治方面机构，却并没有什么改变。一般人民的脑筋里，依旧牢固的存着一个皇帝的偶像。尤其是军队中，士兵们平素受的政治教育，只是忠于皇家，以革命为反叛。袁世凯以及他的左右，刚不久还是如此教育士兵，并且到处镇压革命，捕杀革命党。忽然一天抖身一变，自己做起大总统，成为革命国家的首领了。……这样，如何维系军心？当时老袁做了大总统，我就常常亲见亲闻许多官长目兵在背后切齿咒骂他，说他是个篡位的奸贼，愤激达于极点。第二，第三镇的队伍自在长春驻扎，军纪即极败坏。开到北京以后，堕落更甚。官长目兵，公开聚赌，纵饮狂嫖，无所不为，训练教育的事，完全废弛了。……第三镇这样，其余京畿一带的驻军无不如此。带兵的荒唐，目兵从而效尤，统帅者听任不问。好像他们以为皇帝倒了，世界变了，一切都可以胡作非为，用不着受拘束的了。”

王朝更替而不乱者几稀。无独有偶的是，后任南京国民政府军令部长的徐永昌（当时也在北京军中）也在回忆录中称，“正月十二第三镇在北京兵变，初非袁世凯所主使，有些人委称系袁世凯指使，以抗议南方代表要求迁都南京者，实乃诬传，不过袁适逢其会，利用兵变拒绝迁都，或者有之。因第三镇在汉口与革命军作战之后，士兵回京，仍不忘在外作战时期之不纪律生活习惯，而带兵者战时不知注意约束士兵的轨外行动，战后又疏于整顿与防范，故至酿成兵变，若谓第三镇兵变为袁主使，然则毅军兵变，亦将谓有人主使耶？”