在那篇文章中，章太炎劈头骂道：“载湉小丑，不辨菽麦”，非但把康梁等人借以自重的光绪皇帝掀倒在地，也将清廷的威严一扫而空，令当权派极为恼怒，最后向租界当局施加了强大的压力，必欲去之而后快。章太炎在得知了抓捕的消息后，却效仿谭嗣同，说清廷要抓我，已经不是第一次了，革命就要流血，怕什么！巡捕来了，他迎上去，说：“我就是章炳麟，抓我！”租界当局最后判了章炳麟三年、邹容两年的拘禁。要说起来，章太炎服了三年的苦刑也还合算，因为清廷的损失更大，一个大逆不道的罪犯居然只判了三年囚禁，王朝的尊严何以为堪？在专制时代，皇权是神圣而不容侵犯的，一旦撤下这遮羞布，那就没有什么神圣可言了。

后来，邹容因病先死，章太炎颇为悲痛，写诗悼念道：“邹容吾小弟，被发下瀛洲。快翦刀除辫，干牛肉作糇。英雄一入狱，天地亦悲秋。临命须掺手，乾坤只两头。”1906年6月，章太炎光荣出狱，随即东渡日本找到革命组织，并当上了《民报》的主编。

章太炎与孙中山的关系原本是不错的，1902年他到日本的时候，孙中山曾将横滨几十名义士召集起来为章太炎接风洗尘，极其器重。在这次聚会上，章太炎自称喝了七十余杯而不醉，兴致之高，可见一斑。在接任《民报》主编的这段时期里，章太炎除了脑病发作改由张继、陶成章编辑三期外，其余各期的所有编务和发行，都是由他一人担当的。

章太炎的才气与性格，决定了他与任何人都不能相处太久。1907年3月，日本政府在清廷的压力下，赠送孙中山5000元促其离境，日商铃木久五郎也向其馈赠了一万元。孙中山接受了这两笔钱之后，也没有和同盟会本部商议，便留下2000元做《民报》的经费，然后带着胡汉民和汪精卫等人离开日本，去西南边境搞革命去了。

章太炎在得知孙中山得了两笔款子却只给《民报》留了2000元后，立刻嚷嚷了起来，同盟会本部也炸开了锅，革命义士们一个个拍桌摔凳。张继说：“走就走嘛，你要人家的钱干什么！真是丢人！”刘师培则骂道：“孙文受贿！”章太炎更是火气冲天，他上前一把撕下孙中山的相片，然后批上了“卖《民报》之孙文应即撤去”数字。这还不解气，他以为孙中山在同盟会香港分会，于是又将批了字的相片寄到香港，以示羞辱。

在同盟会东京本部闹成一团的时候，孙中山却在西南地区连续策动了三次起义，但都以失败而告终。消息传到东京后，“反孙”声浪更是进一步高涨，张继、章太炎、刘师培、谭人凤等人纷纷要求主持同盟会本部工作的刘揆一召开大会，罢免孙中山的总理职务，改选黄兴继任。张继等人声称：“革命之前，必先革革命党之命。”刘揆一不同意这些人的意见，于是张继便和刘揆一互相扭打起来；章太炎则意气用事，他以明码电报泄露孙中山购买枪弹准备武装起义的军事秘密，以至于起义无法发动。章太炎的理由是，以日本奸商所卖的窳劣武器发动起义，无异于让革命义士白白送命。

在与革命同道们闹翻后，章太炎一度萌生去印度做和尚的念头。1908年4月27日的广州《国民报》上，革命同志给章太炎编了一则名叫《章炳麟出家》的活剧曲借以劝诫：“（同志扫板唱）章炳麟抛却了、平生抱负；（慢板）眼见得汉人中、少个帮扶；披袈裟，坐蒲团，不顾宗祖；纵不念、众同胞，该念妻孥；况且是、我支那，蹉跎国步。望同志，抱热心，休作浮屠。”

“（章炳麟中板唱）……除却了三千苦恼，逼着我请个高僧来到东京披剃头毛。我非是、主持厌世遁入空门爱栖净土，我国人莫予肯服故把禅逃，从今后理乱不闻兴亡不顾，入沙门、参佛祖做贝叶工夫。”

1908年10月，《民报》（第二十四号）被日本政府封禁，章太炎因为支撑《民报》事务而费尽心机，吃尽苦头，加上与黄兴、宋教仁不合，于是愤而辞去社长一职，并“声称不再与闻《民报》之事”。一年后，汪精卫来东京恢复《民报》，原编委陶成章、章太炎被排除在外，这下又激起了更大的风波。