章太炎愤怒之下，发表《伪民报检举状》，而陶成章也作《布告同志书》一册，两人合力痛斥孙中山“乾没巨款”、“借革命为新骗术”，“直言孙文种种之非”；最后，他们干脆公然与同盟会分裂并在东京恢复了光复会的名号。在一边看热闹的保皇派们大乐，也纷纷大事鼓噪，借以打击革命气焰。作为反击，革命党则将章太炎致刘师培卖身求助的信函加以公布。原来，章太炎在想去印度当和尚期间，苦于缺乏经费，便向已投靠两江总督端方的革命前友刘师培写信，提请端方资助，但事未办成反遭革命党登报讥讽，于是章太炎与革命阵营也就愈走愈远。

清帝退位后，革命大功告成，章太炎公开声称“革命军起，革命党消”，要求将原来秘密的革命党组织改为合法组织，开展公开的政治活动。1912年后，在“革命党消”的呼声中，一场热火朝天的组党运动也开始在全国各大城市相继上演，并在1913年国会选举前形成高潮。

作为当时的风头人物，章太炎成为了民初组党运动的急先锋。1912年1月3日，章太炎联合江苏都督程德全成立了中华民国联合会，章太炎自任会长，程德全为副，原清末立宪派中的名流张謇、熊希龄、唐文治等人都成为了会中骨干。不久，章太炎的同道、光复会领袖陶成章被陈其美派人刺死，章太炎将中华民国联合会改组为统一党，并更加激烈地指责和斥骂同盟会。在他看来，同盟会是一个有严重暴力倾向的组织，这些人置国家利益与民族大义于不顾，在和议已成的情况下还想继续捣乱（革命），倘若这些人侥幸获得了国家政权，必定要排斥异己，血流成河，搞一党专制无疑。

章太炎甚至在自己的谈话和通信中直言不讳地指出，他另搞其他政党就是针对同盟会的，而这一时期他指责孙中山乃至公开谩骂黄兴、陈其美等人是“土匪”，也几乎是家常便饭、张口就来。在“汉冶萍借款”、“迁都”、“善后大借款”等问题上，章太炎处处与孙中山等人为难。对于章太炎的倒戈反向，同盟会的人也愤而反击，他们在报纸上大骂章太炎是个“疯子”，并放出流言说章太炎要拿枪打国务总理唐绍仪，他才具有严重的暴力倾向。

说到“疯”字，章太炎确实有间歇性的癫痫症状，但被人称为“章疯子”，则是因为其生平喜欢特立独行，好做惊人之语。对于这个绰号，章太炎非但不以为忤，反希望他的同志朋友都能带点神经病。他曾在东京发表演说：“大凡非常的议论，不是神经病的人断不能想，就能想亦不能说，遇着艰难困苦的时候，不是精神病的人断不能百折不回，孤行己意。所以古来有大学问成大事业的，必得有神经病，才能做到。为这缘故，兄弟承认自己有精神病，也愿诸位同志人人个个都有一两分精神病。近来传说某某有精神病，某某也有精神病，兄弟看来，不怕有精神病，只怕富贵利禄当面出现的时候，那精神病立刻好了，这才是要不得呢！”

《宋书?袁粲传》中说：“昔有一国，国中一水，号曰‘狂泉’。国人饮此水，无不狂；唯国君穿井而汲，独得无恙。国人既并狂，反谓国王之不狂为狂。于是聚谋，共执国主，疗其狂疾，火艾针药，莫不毕具。国主不任其苦，于是到泉所，酌水饮之，饮毕便狂。君臣大小，其狂若一，众乃欢然。”说的大概就是这个意思。

鲁迅也曾在他的文章中回忆说，民国元年，章太炎先生在京期间好发议论，而且毫无顾忌地褒贬他人，常常被贬的一群人便给他起了个绰号，曰“章疯子”，其人即是疯子，议论当然是疯话，是没有价值的人。但每有言论，也仍在他们的报章上发表，不过题目特别，道“章疯子大发其疯”。有一回，他可是骂到他们的反对党头上去了，第二天报上报道时，那题目却成了：“章疯子居然不疯！”

章太炎的“疯”，还影响到他的婚姻。章太炎早年曾发过癫痫病，加上满嘴的反动言论，当地人无人敢将女儿嫁给他，没办法，他母亲只好将自己的陪嫁丫头王氏许配给了他。这种婚姻，按当时习俗不能算正式婚仪而只能算“纳妾”，王氏为章太炎生了三个子女后在1903年不幸去世。在之后的十年间，章太炎为革命而奔波流亡，一直未娶。