由于《苏报》注册于租界内，清廷要抓人，必须得到租界领事和行使租界管理权的工部局的许可，即使获得许可也须由租界工部局巡捕房负责缉拿。Shanghai Municipal Council，英文字面上应是“上海市议会”之意，一个在中国国土上专门为洋人服务的机构。不知什么原因，这个由洋人自作主张成立的机构被翻译为类似工业制造部门的名称——工部局。慑于洋人的威严，两江总督魏光焘求助上海道袁树勋，决定以大清国政府的名义向租界公审会堂提出诉讼。一九○三年六月二十九日，工部局派出巡捕到《苏报》报馆捉走账房程吉甫，第二天又到爱国学社挨个查问，章太炎见此情景说：“余人俱不在，要拿章炳麟，就是我。”巡捕“遂将他戴上手铐捉去”。

邹容和章太炎被捕后，清廷立即与工部局交涉，企图将他们“引渡”到租界外，然后严刑逼供就地处死。但是，外国领事们迫于舆论的压力，以不能违反“治外法权”和“保护政治犯”为由，坚持要在租界内进行审理。清廷万般无奈，只有聘请律师控诉《苏报》：“故意诬蔑满清皇帝，挑诋政府，大逆不道，欲使国民仇视今上，痛恨政府，心怀叵测，谋为不轨。”——大清朝廷在自己的国土上，向外国人享有专权的法庭起诉自己的子民，乃中国数千年历史上第一次。

七月十五日，邹容、章太炎等出庭受审。审判员是清廷官吏孙建臣、上海县汪瑶庭以及英国副领事迪比南。清政府聘请的两名外国律师宣读了起诉书，起诉书详细摘录了章太炎和邹容“大逆不道”的言论，特别指出章太炎竟然说光绪皇帝是个“小丑”实属罪大恶极。章太炎供述：“我只知清帝乃满人，不知所谓圣讳。‘小丑’两字本作‘类’字或作‘小孩子’解。苏报论说，与我无涉，是实。”而邹容供述时仅说“革命军是我所作，别无他语”。

开庭四次后，此案宣判：……章炳麟作訄书并革命序，又有驳康有为之一书，污蔑朝廷，形同悖逆；邹容作革命军一书，谋为不轨，更为大逆不道；彼二人者，同恶相济，厥罪惟均，实为本国律法所不容，亦为各国公法所不恕。查律载：“不利于国，谋危社稷，为反；不利于君，谋危宗庙，为大逆，共谋者不分首从皆凌迟处死。”又律载：“谋背本国，潜从他国为叛共谋者，不分首从皆斩。”又律载：“妄布邪言，书写张贴，煽惑人心，为首者斩立决，为从者绞监候。”如邹容章炳麟按律治罪，皆当处决。今逢万寿开科，广布皇仁，援照拟减，定为永远监禁，以杜乱萌，而靖人心……然而，这个并没有把政治犯千刀万剐的量刑，却没有得到租界领事团的认可，于是判决迟迟不能执行。清廷唯恐夜长梦多，节外生枝，最后改判章太炎监禁三年，邹容监禁两年。租界领事团这才认为可以接受。

震动全国的《苏报》案就此了结。

然而，就在此时，被监禁的章太炎和邹容听到了一个令他们痛不欲生的消息：一个名叫沈荩的文人，因为没有得到租界的庇护，在清廷的刑部大狱里异常惨烈地死去了。

沈荩，字愚溪，原名克诚，湖南人。天资甚高，但不屑进入科举取仕的考场，因此饱受乡里人冷眼。他能言善辩，颇具革命思想，曾与唐才常同是正气会的首领，参加汉口起义失败后侥幸逃脱。这个朝廷重犯之所以潜入北京，或许是出于越危险处越安全的考虑，或许是联络京城旧党之心未泯。久住之后，任日本在京报社的通信员，因披露清廷与沙俄签订“密约”之事被捕。

朝廷的缉拿是因为友人的出卖。

“才大而疏，性直而急，口辩而刻，此荩之所短也，而诸小卒得以持其短以陷荩。”与沈荩无话不谈的挚友名叫吴式钊，曾任翰林院检讨，因为是基督徒，与外国人来往密切。庚子事变，翰林院大学士徐桐格外憎恨洋人，于是吴式钊被革职并判永远监禁。庚子事变后他被释放，先回原籍，后又到京城寻找官复原职的机会。此时，清廷正值欲杀《苏报》案主犯而不得的尴尬时刻，吴士钊揣摩朝廷恨革命党人已到咬牙切齿的程度，因此认为自己等待的机会终于到了，他向刑部大吏出卖了沈荩——“京中无数失官怨望之徒，及无聊不逞之子，思为衣食前途辟一新法，又适逢党祸之急，而刺探政府之意旨，有足为蔽罪斯人之地，故毅然协谋而为此。”

沈荩被关入刑部大狱。他的被捕成为当时报纸记者追逐的新闻之一，因为与他同被关在刑部大狱里的，有在越南打了败仗的广西提督苏元春和首创注音字母的著名翰林王照，还有在庚子事变中因与德国人关系诡秘而声名赫赫的妓女赛金花。因此，小报称清廷刑部大狱中英雄、美人、文人、名将“四美俱全”。

慈禧得知沈荩是汉口造反的漏网分子，又得知他是泄露中俄密约主要内容的人，因此下旨：沈克诚即刻杖毙，吴式钊六品著用。

杖毙，乱棍打死。

刑部大狱的狱卒看了懿旨后十分错愕。

错愕有二：一是正值太后的万寿庆典期间，按照惯例不能够执行死刑，因为这样不吉利，会冲太后的喜；即使是平常时日，有犯人被判了死刑，也应在每年的秋季统一执行，一般情况下刑部大狱从来不在夏天杀人。二是置于死地的方式，用棍棒打人的背、腿和臀部，本是一种肉刑而不是死刑，采用这种方式将人活活打死，实际上是一种非刑。

可是，太后等不及了。