在17世纪晚期官方编纂的王朝历史中，着力渲染的是这样一种观点，即胡惟庸意在弑君，他早就图谋不轨了。官方公布的一个重要证据是，他一直在暗中发展和培植自己的亲信党羽，比如对吉安侯陆仲亨和平凉侯费聚的拉拢。陆仲亨自陕西归京，车马仪仗的标准大大超标，朱元璋大为恼怒，严厉斥责，他对陆仲亨的处罚是到代县去做一个捕头。费聚奉命到苏州视察军民，日嗜酒色，不干正事，朱元璋责成他前往西北招降蒙古，无功而返，又受痛责。陆、费二人战战兢兢，生恐天颜震怒大祸临头，胡惟庸把两人请到家里，酒喝得差不多了，屏退左右，故意问道：你们两人做下的不法事还有不少吧，要是哪天让皇上发觉了，你们想想会怎样呢？这两人愈发害怕。胡惟庸这才说出了自己的打算，令他们在外收集军马，等待号令。类似的指控还有，利用中书省掌全国军政大权的职务之便调阅天下军马籍，为起事作准备，在军队下层发展了一批死士为心膂等等。

官方公布的材料还指称，胡惟庸为了达到弑君的目的，派遣明州（今宁波）卫指挥林贤，以下海招倭为名与日本人暗通款曲。与此同时，他还派出了一个名叫封绩的元朝旧臣到元嗣君脱古思帖木儿处传递消息，要求元君出兵支持政变。还有一种说法是，胡惟庸以欣赏他家中的井里涌出的醴泉水为借口，曾邀请皇帝驾临，阴谋实施刺杀。但是他的这一计划还没来得及实施就受挫了，因为一个叫云奇的宦官风闻这一阴谋，及时站出来挡阻皇帝临幸与皇宫相距不远的胡惟庸的府第。朱元璋开始还不相信，命人把这个太监拖下去狠狠责打，但这个太监即使被打折了手臂，还是要阻止皇帝前往。这让朱元璋不得不警觉起来，他带着一群侍卫登上宫墙远望胡府方向，隐隐看见了胡惟庸暗藏的准备行刺的军队，于是他取消了这次临幸。

对胡案的调查断断续续进行了十来年，每加进一条新的罪状，就作一次大规模的清洗，坐胡案而死的高级官员不可胜数，甚至任太子师十余年的开国儒臣宋濂也被牵连，贬死茂州。曾向朱元璋献“高筑墙，广积粮，缓称王”三策的朱升的儿子朱同，以礼部侍郎任太子东宫讲官，在大清洗中也遭诬而死，他在狱中所作《遭诬得罪赋此以见志》中有句：“四十趋朝五十过，典章事业历研磨。九重日月瞻依久，一代文章制作多。岂有黄金来暮夜，只惭白发老风波。归魂不逐东流水，直上长江诉汨罗”，正是受株连的文官们怨怼心情的表露。

十年后，对胡惟庸党案的第二次大规模清洗，甚至把皇帝曾经最亲信的顾问，已经致仕多年的李善长也卷了进去。