到了明末，钱谦益根据内阁所藏诏书，并参考招辞，也认为这是一桩冤案，李善长是胡惟庸案的一个殉葬品，“善长之罪，实由婚姻谊重，家门虑深，目瞪口吱，受惟庸之笼络而不能自拔，卒委身以殉之。”

胡惟庸、李善长之死，实是在为新制度牺牲。

陆续有一些开国元勋与胡党勾结“共谋不轨”的案件被揭发，一个叫周敬心的官员上疏批评政府，“大戮官民，不分臧否”，最后皇帝本人也承认，在胡惟庸党案及历年的政治清洗中总共处死了约三万余人。

1393年凉国公蓝玉被杀，张开了诛杀功臣的罗网。蓝玉是开平王常遇春的妻弟，“长身赪面，饶勇略，有大将才”，以军功升大将军，封凉国公，愈加的骄蹇自恣，纵容手下庄奴强占东昌民田，御史前来查问，被他赶跑。北征回来时，经过喜峰关，因为天黑不辨人影，守关的士兵不敢开门，他竟纵兵毁关强闯。有人告发他还强占了元君的一个妃子，那妃子受辱后自杀了。皇帝严厉批评了蓝玉，蓝玉还是不知收敛，西征得胜回到京师，受封为太子太傅，他不满意居于宋国公冯胜和颍国公傅友德之下，趁着酒性嚷嚷，难道凭我的功劳还当不上一个太师吗？

蓝玉的恃功骄纵刺激了朱元璋，他指使一个锦衣卫指挥诬告蓝玉谋反，控告他与景川侯曹震等人企图趁皇帝出宫举行躬耕“藉田”仪式时发动兵变。曹震、户部侍郎傅友文等一批高官相继被逮，一番虚张声势的审讯后，连坐处死一万五千余人，列侯以下坐党夷灭者不可胜数，几乎把打天下的将领给一锅端了。因蓝案公布的《逆臣录》，就包括一公、十三侯、二伯。之后，宋国公冯胜、颍国公傅友德等亦相继被赐死。至这年秋天，皇帝下诏：“蓝贼为乱，谋泄，族诛者万五千人。自今胡党蓝党，概赦不问。”看似皇恩浩荡，实际上功臣宿将已杀得差不多了。

曾在李善长一案中出过大力的吏部尚书詹徽，被列为蓝党同谋一同处死。《明通鉴》称，詹徽本不在蓝党之列，会审蓝玉一案时，他喝令蓝玉速速老实交待，毋得株连他人，蓝玉大叫，詹徽也是一起谋事的，于是为人一向阴险刻薄的詹徽也被戏剧性地拿下了。《明通鉴》还援引当时的私家记述称，蓝玉被诛，与燕王朱棣有关。洪武二十年，蓝玉以征虏左副将军随同冯胜征纳哈出，出征归来，已拜为大将军的他向皇太子朱标秘密进言，说燕王朱棣有政治野心，还说有望气者言，燕王的封地北平有天子气，须得小心提防。朱标是个忠厚人，竟把这话开玩笑地说与了皇弟朱棣。1392年春天，太子朱标病亡，燕王来京师参加吊唁，在与皇帝的交谈中，数次流露出对元勋公侯纵恣不法尾大不掉的忧虑，他的担忧触动了皇帝本就敏感的神经，于是没过几个月，蓝玉就大祸临头。