胡、蓝二案之外，开国功臣被诛杀的还有：德庆侯廖永忠，1375年以僭用龙凤不法等事赐死；永嘉侯朱亮祖父子，于1380年被鞭死；临川侯胡美，于1384年犯禁伏诛；江夏侯周德兴，于1392年以帷薄不修，私生活暧昧的罪状处死；1394年，杀定远侯王弼、永平侯谢成。甚至侄子朱文正也以“亲近儒生，胸怀怨望”的罪名被鞭死，外甥李文忠也被怀疑有政治野心而毒死。大将军徐达为开国功臣第一，也逃不过朱元璋的猜忌。1387年，徐达长了背疽，据说这样的病最忌吃蒸鹅，但徐达病重时，皇帝偏偏特赐蒸鹅，徐达只好当着使臣的面含泪吃了，不多日就死了。许多将领的被杀，根本不需要什么理由，正合着“飞鸟尽良弓藏，狡兔死走狗烹”这句话了。

一个叫叶伯巨的官员对皇帝的苛政提出了严厉批评，他引经据典说，历代开国之君，没有一个不是以仁德结纳民心，绝不因为滥施刑罚而丧失民心，国运之长短，就全在君王施的是仁政还是苛政。他以古今作对比，说古代的读书人都以中进士做官为荣，以罢官为耻，当今的士子呢，都以选不上官暗自庆幸，受了廷杖鞭打也只当寻常之辱，这难道是正常的吗？凤阳是皇陵所在，龙兴之地，让大批罪人迁徙居住，怨嗟愁苦之声充斥园邑，这难道也是对祖宗的恭敬吗？朱元璋看了大怒，命锦衣卫赶紧逮来，他要亲手射杀叶伯巨。隔了些时日，中书省官员趁他高兴时奏请把叶伯巨下刑部狱，不久还是死在了狱中。

史载“惟庸既死，其反状犹未尽露”，也就是说，直到胡惟庸被杀，有关他企图政变的证据和细节仍然是不清楚的，而据此生发开去的种种供词和传说更是矛盾百出。后世读史者深感疑惑的是，明初第一大案的主角胡惟庸到底有没有谋反？

1934年，历史学家吴晗在《燕京学报》发表论文《胡惟庸党案考》，把扑朔迷离的胡惟庸党案的真相揭示了出来。他说，胡案的真相到底如何，即使明朝人也未必深知，这原因大概是胡党事起时，法令严峻，著述家多不敢记述其事，时过境迁之后，实在情形已被湮灭。他的结论是，“胡惟庸的本身品格，据明人诸书所记，是一个枭猾阴险专权树党的人。以明太祖这样一个十足地自私惨刻的怪杰自然是不能相处在一起的。一方面深虑身后子懦孙弱，生怕和自己并肩起事的一班功臣宿将不受制驭，因示意廷臣，有主张地施行一系列的大屠杀。胡案先起，继以李案，晚年太子死复继以蓝案。胡惟庸的被诛，不过是这一大屠杀的开端”，“胡惟庸被杀在政治制度上的意义，是治权的变质，也就是从官僚和皇家共治的阶段，转变为官僚成奴才、皇帝独裁的阶段”。