在皇帝授意下，经一班文臣的遮掩粉饰，正统的官方历史把这场政变如是叙述：洪武三十五年六月（请注意年代的表述方式），靖难的军队打到了南京金川门外，“建文君欲出迎，左右悉散，惟内侍数人而已，乃叹曰，‘我何面目相见耶！’遂阖宫自焚”。称“建文君”而不称建文帝，暗示他不是合法的皇位继承人，又说他因无脸见人，惭愧而自杀，御用史家的春秋笔法显露无遗了。在他们的笔下，“今上”的姿态则要高得多，他摒弃前嫌，即命太监前往援救，施救不及，太监只好把“建文君”尸体从火中找出来，报告燕王，燕王哭着说：果然如此痴呆？我来是为了帮助你做好皇帝，你竟浑然不觉，走上了绝路！

这假惺惺的眼泪能蒙世人一时，血的事实却任谁也掩饰不了。城破后，建文帝的几个弟弟无一幸免，小儿子圭甫，当时只有两岁，朱棣派人把他幽禁到安徽凤阳老家，直到三世以后明英宗时，这个废皇子才重新得见天日，那时他已五十有七，智力水平却像个孩子一样，连大街上在走的牛马都分不清楚。此是后话不提。

对一班主张削藩的儒生，朱棣更是恨之入骨，大兵一入南京城，就“大索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，榜其姓名曰奸臣”，对他们展开了毫不手软的屠杀，这些人多遭族诛，株连甚广，人称“瓜蔓抄”。南京陷落时，齐泰正出外募兵徒劳而返，为了不让燕王认出，他就把骑着的白马用墨涂黑，马跑得大汗淋漓，涂上去的墨汁全都洗掉了，有认得他的马的大叫，这是齐尚书的马！于是被燕兵逮住，押往京城处斩，他的从兄弟敬宗等皆坐死，叔时永、阳彦等谪戍，才六岁的儿子免死为奴。黄子澄还想图谋起事，被人告发抓住后，朱棣亲自审问，不屈，被磔死。族人无论年少年长全都问斩，姻亲全都发配戍边。

而至为酷烈的，莫过于方孝孺因不肯为朱棣撰即位诏，“夷十族”，诛杀八百七十三人。

朱棣兵发北平时，姚广孝特地以方孝孺为托。他对朱棣说，南京城破之日，方孝孺一定不肯降服，不管如何千万别杀他，“杀孝孺，天下读书种子绝矣”。朱棣答应了他。

一向目无余子的姚广孝如此垂目的方孝孺，可说是明初知识界的一面旗帜，以道德学问著称于世。方孝孺是开国儒臣、大学问家宋濂的学生，“幼警敏，双眸炯炯”，手不释卷的他童年时就被乡人目为“小韩子”。日后成为建文朝典章制度执笔者的他，年轻时却自恃才华看不起文章事业，认为那只是雕虫小技，他真正的志向是辅佐明主成就一番事业。早年在台州府宁海县乡下的时候，他生了病，家里又断了粮，他却不以为忧，那副安贫乐道的样子让周围人都觉得此人真是不可理喻。如同他的名字所透露出来的气息，方孝孺最早是以一个孝子的形象出现在世人面前。1376年秋天，他的父亲、曾任济宁知府的方克勤因“空印案”株连死在北京，他一路扶榇南归，哀恸于路，曾引得许多同样身受冤屈而又不得放言的人们为之一洒同情之泪。