要不要处死于谦，朱祈镇犹豫了好久，“于谦实有功”——举棋不定的他对内侍们说。的确，于社稷，于自己，于谦的功劳都是不争的事实。杀一个举世公认的功臣，他担不起这个罪名。最后是徐有贞的一句话促使他下了决心——“不杀于谦，此举为无名。”要让刚刚失而复得的皇位合法化，于谦还真的非死不可。于是，政变发生后第五日的正月二十二日，皇帝宣布了对于谦的判决，他与大学士王文及四名太监（这几个太监都是曹吉祥的死敌）一起被公开斩首。资深大学士陈循、刑部尚书俞士悦、工部尚书江渊等被谪戍铁岭，大学士萧、商辂等被削夺官职，户部尚书张凤和其他大臣被调任无实权的职务。礼部尚书胡濙、硕果仅存的大学士高穀及大太监兴安被迫退隐，同时获准退休的还有元老辈的吏部尚书王直。曾自夸对易储诏书多有贡献的吏部侍郎何文渊，复辟后闻讯将遭逮捕法办，自缢而死。因建言易储有功进为都督同知的黄吰畏罪自杀，朱祈镇还觉不解气，令开棺戮尸。

据说处死于谦那日，好端端的天突然阴霾四合，莫辨东西，似乎上天也为忠臣的怨死而痛悼。于谦的儿子于冕已被发配去了龙门，没有人收尸，一个叫陈逵的都督同知收敛于谦遗骸下葬（几年后，归葬杭州钱塘）。太监监军曹吉祥属下的一个都指挥使，拿了酒偷偷跑到处死于谦处凭吊，被人告发后被曹吉祥狠狠责打了一顿，可是第二日他又跑去酹奠如故。史传记录下这些事迹，是为彰显“忠心义烈”，就像在传记最后的赞论里所说，“忧国忘家，身系安危，志存宗社，厥功伟矣”，这种对国家的忠诚和道义担当庶几可以穿越生死，“与日月争光”。

在于谦身上闪耀的这种精神，就是黄仁宇先生在《万历十五年》中所揭橥的文官集团所普遍尊崇的那种“不顾一己安危荣辱，为仁民爱物的宗旨拼命”的自我牺牲的精神。于谦性情刚烈，得罪人不少，遇事每有不合辄抚胸长叹：“此一腔热血，意洒何地！”他现在总算是得其所哉了。弃市，籍其家，家属戍边，这样的结果落到他身上不是第一个，当然也不会是最后一人。令人齿寒的是那些毫无原则操守的官员，这时候都往于谦身上泼脏水为晋身的台阶，有个僻远省份的教谕上疏说，这样处罚于谦实在是太便宜他了，应该灭其门，把于谦在位时荐举的文武大臣悉数诛杀。还有官员建议，应该把于谦一案的共犯全都榜示天下以儆效尤。处死于谦是瞒着皇太后进行的，她知道消息后难过了好些日子，“嗟悼累日”。朱祈镇也深感后悔。抄家时，发现于家清贫得几乎没有一件多余的器物，有人发现正屋藏有一只大柜子，钥匙锁得非常坚固，打开来一看，都是以前皇帝赐给他的蟒衣剑器这些东西。