除油画创作之外，方干民还积极参加街头宣传。当年的学生王秋文后来回忆：

我们这个小组（有方干民教授参加）走到长沙有名的闹市区八角亭，发现有一块一丈多宽的白粉墙，正是一块画壁画的好地方。于是我们十几个人忙碌起来，有人借来了梯子，有人用炭条打轮廓，有的勾墨线，有的涂颜色，马上吸引了许多观众。但是，由于天气太冷了，我们画着画着，颜料冻成了冰，画笔也冻得像印子一样，每个人的手也都冻得僵硬了。正在十分为难的时候，忽然有人急急忙忙端来一个火盆。这下冻硬了的颜料溶化了，画笔也化开了，我们冻僵了的手也烤得暖暖和和，一幅丈余长的壁画，不到一个上午就画好了。

学校到了安江村后开始正式复课，方干民出任教务主任，教学秩序得以很快恢复。

然而到了学期结束时，因为滕固校长解聘他而引发学潮。吴冠中回忆：

据说是方干民和常书鸿互不相容，难于共事，而我们杭州跟来的学生都拥护方老师，要求滕校长收回成命，于是闹成僵局，形势紧张。学生们攻击常书鸿及好多位站在滕校长立场上的教职员，记得图书馆长顾良最是众矢之的，学生追打他，他到处躲藏，学生穷追不舍，最后他逃到潘天寿住所，躲到潘老师的背后，潘老师出面劝架，顾良才免了一顿皮肉之苦。同学们封锁安江村的所有出口，请求、逼迫滕固收回成命，但终于昆明开来警卫部队，卫护滕固去了昆明，同时公布方干民鼓动风潮并开除两个带头掀起风潮的学生。

方干民离开艺专后进了国民党党史编纂委员会，任保管科总干事，是个闲差。他潜心作画，在3年半时间里完成了10多幅肖像以及巨幅历史画《邹容》、《肇和军舰起义之前》、《陈英士被刺图》等。

1944年7月，潘天寿出任国立艺专校长后，方干民受聘再度回校任教。抗战胜利，随学校迁至杭州。汪日章出任校长后，他又被解聘。不得已在上海文庙办了一所私人画室，取名“中华艺术研究会”，既教画，也做一点杂务。其时，圣约翰大学的中共地下党员杨熙龄请他画一幅毛泽东油画像，准备用来迎接解放，他慨然允诺。

上海解放初的方干民情绪高昂，与学生一道上街游行，创作了巨幅作品《淮海战役》，参加在波兰举行的“社会主义国家综合画展”，获得好评。这使他在1951年3月调入南京军事学院专门从事军史画创作。由于单位的特殊性，安然度过“反右”运动。

1958年，方干民又回到浙江美院任教。具体原因不得而知，那时个人对职业已很少有选择权，调动多是组织决定的。这里不能不说到他的大姨子、后来蜚声海外文坛的苏雪林——锋芒毕露的她到了台湾后坚持反共立场，声称自己是20世纪30年代仅有的与“共党喽啰”猛烈笔战的作家。不知道是不是因此影响到方的命运？

回美院后，日子就不那么好过了。当时把他作为教师中的反面典型，“这样画也批判，那样画也批判”。尽管十分小心，到了“文化大革命”，方干民还是遭到残酷斗争，罪名是反动学术权威和国民党特务，关入牛棚后，万念俱灰的他服毒自杀，幸而未遂。

死过一次的方干民变得沉默寡言，他以画笔来消磨时间，到各地写生，但作品已没有了早年那种气势，艺术表现上倒间或重新显出立方主义的若干痕迹。