抗日战争成为时代主旋律，值此民族危亡关头，艺专有不少学生放弃读书，投笔从戎。而对更多的师生而言，那只是一种背景，尽管日常生活已发生很大变化，但大家考虑问题和应对事物的方式还是一如往常。

1月，学校又迁往长沙，借住在雅礼中学。不久便接到教育部命令，杭州艺专和北平艺专两校合并而成国立艺专，校址暂时设置在沅陵老鸦溪。这样做与战时经费不足、管理不便等诸多因素都有关系。此时的杭州艺专有34名教职员，百余名学生，而北平艺专有教职员13人，学生三四十人。

合并后的国立艺专废除原来的校长制、改为委员制，林风眠当上了主任委员，原北平艺专校长赵畸、西画组主任常书鸿为委员。

大难当头，本来应当同仇敌忾，事实上由于处境艰难，各种矛盾更容易产生和爆发。之后一段时间，原来分属两校的师生由于经济问题（杭州艺专人多钱少，北平艺专人少钱多）、艺术观念的差异（杭州艺专偏重现代主义，北平艺专坚守写实主义）等具体原因发生了一系列争斗，也包括原本一校师生的内斗，林风眠不得已两次辞职，又两次被请回学校，但最终还是觉得无法应付复杂的局面，向教育部长陈立夫再次提出辞呈，其中说道：“目前风潮似告平息，然蓄谋已深，隐患无穷，何况各有所恃而无恐，风眠暨无进步之权，又无处罚之力，将来随时仍有发生事情之可能。”

从中似可隐约读出一些消息，即当时两校师生在上面各有人脉和支持者，因此才“有恃无恐”，甚至发展到械斗和围殴。现代化是个漫长的社会转型过程，中国到这个时候乃至今天，仍没能脱出种种非现代因素的牵系，实现以数字来管理，即按规则办事。当年林风眠所要求的不过是实行这种管理的权限，却不可得。于是他选择了离开。

这段往事不同人各有各的说法，孙志远在《感谢苦难——彦涵传》中，以这位当年学生会主席的眼光（颇有阶级分析意味）来回顾历史，描述翔实，其中一个细节尤其引人注意：

学校陷入了混乱。

就在这时，卢鸿基找到了彦涵和罗工柳，同他们商量，他决定首先打击八大教授中的为首分子李教授（即李有行）。李教授是搞戏剧的。据说与张道藩有来往，八大教授给林风眠的信，就是他秉承上面的旨意起草的。此人平时对学生态度就不好，现在又出卖了林校长，名声很坏，拿他开刀，必得人心。

彦涵带着几十名杭州同学来到李教授的住处，一声令下，朱德群等同学就把李教授抓到了屋前空地上。接着就是一顿批斗。

李教授吓得脸色惨白，一个劲儿地点头认错，说是对不起林先生。

学生们冲他高喊：“立即辞职，滚出学校！”

李教授连连点头：“好，我辞职，我辞职。”

“那好，”彦涵把纸和笔递给他，“请你写个辞职保证。”

李教授就趴在屋前门口的台阶上写了个东西，表示愿意辞职，然后交给彦涵。

彦涵说：“限你一个星期内必须离开学校。”

“一定，一定。”

不到一星期，李教授就卷起铺盖，匆匆逃走。八大教授中的其他人自知理亏，吓得纷纷躲了起来——他们真怕学生急了会采取过激行动。

秋天，日军进攻武汉，威胁到长沙，学校奉命取道贵阳迁往昆明，大部分师生坐临时包租的汽车，李霖灿、李浴、李长白等10名学生，自己组织徒步宣传队，边走边画速写与水彩，描绘沿途风光与民俗，这段经历影响其中一些同学后来投身西南地区少数民族文化研究，如李霖灿，著作等身，成为台湾故官博物院副院长。