崇祯十七年（１６４４），明朝终于在农民起义的烈火中和清军铁骑的冲击下覆灭了。清朝入关，建立了政权，而乐家传到乐显扬这一代时，也发生了一个巨大的飞跃。乐显扬进了太医院，当了一名“吏目”。从此，在清朝太医院和御药房的档案中，也就正式出现了有关乐姓的记载。

清朝的太医院成立于清顺治元年（１６４４），创立时基本沿袭了明朝旧制。太医院的最高领导称为“院使”，是正五品的官员，以下为“左院判”、“右院判”。院使和院判相当于现在的院长、副院长，然后是御医，御医为正八品。御医以下为吏目、院士、医士等。吏目一般为九品或从九品。清康熙九年（１６７０），虽然对御医、吏目的级别似有提高，“许服六品冠带”，但“原品给俸每年白银六十两”，可见实际待遇并没有提高。御医、吏目、院士、医士也都统称为“太医”。因为吏目虽在御医之下，却在医士、院士之上，可算是“副高”职称，相当于现在的副主任医师。九品或从九品在清代“九品十八级”的官制中是很低的，即使到了宣统年间，太医院的官职被提高后，吏目的品级最高也只有八品。可见在封建统治者眼中，医生的地位并不高。历史上，也出过一品御医，那是明朝嘉靖二十一年（１５４２），以杨金英为首的十几位宫女趁嘉靖熟睡时想把他勒死，虽然没有成功，却使嘉靖皇帝一度昏迷不醒。前来急救的御医许绅知道，如果皇帝驾崩，自己也不会有好下场。情急之中，他只好豁将出去，以违反常规的方法，施猛药急救，居然将嘉靖救活了。这位御医因此被晋升为“一品”。不过，这是拿命赌来的。

乐显扬能成为太医院的吏目可不容易。按当时的制度，他要么是因为治好了某个达官显贵的病，被推荐进入太医院；或者是通过考试，进入太医院后，又经过寒窗苦读才成为太医。无论是通过哪条途径，被推荐和通过严格的考试，都是必不可少的条件，通过了这重重关口，才能成为太医院的“医士”。熬够一定的年头，“院士”又出现空缺时，才有可能考院士。这样一年年地熬，一次次地考，一步步地升，没有十年工夫的修炼，别想“修成正果”。乐显扬就是经年累月伴着一盏青灯，苦读着一卷卷医学典籍，处处兢兢业业、小心谨慎，也凭着长期行医得来的宝贵经验，才成为“吏目”。

在太医院，乐显扬充分利用这里的优越条件，研读了大量医学典籍和珍贵的皇家医案，尤其是对大量古方、验方、宫廷秘方进行了鉴定和整理，确定了它们的适用病症，分清了它们的君臣佐使，弄清了它们的配伍要点，辨明了它们的毒副作用，为同仁堂的发展打下了基础。

康熙二十三年（１６８４）九月二十四日，一道诏书突然传到位于东江米巷（即现在的东交民巷）的太医院，乐显扬奉命迎接诏书。一时间人们都在纷纷猜度：乐显扬有福还是有祸？

之所以不知是祸是福，这还得从乐显扬的为人行医说起。

“他学识好，医术高，小心谨慎，兢兢业业。因为世代家传，不仅制药严格按炮炙法，又极善分辨药材，早就应当高升了。”

“仁兄说的是。他为人质朴，谦恭简约，处事谨慎，配药时一丝不苟，应当受封赏。”

还有人讲起了这样一件事。因为乐显扬医术高明，又是太医，有不少人到他的家中求医。有一天，有一对父母带着一个八九岁的男孩来看病。原来，这孩子得了一种怪病，身上奇痒难耐，一双小手总是在身上抓。问他吃什么了，干什么了，他一概不说，只是摇头。父母带着孩子找了好几位医生，不仅说不清病因，有的甚至赶紧把他们往外赶，怕孩子是得了天花。到了乐家，乐显扬十分认真地为孩子号了脉，看了孩子身上的痛痒之处，又问了孩子吃了什么，干了什么，孩子还是不答一句。如果是那些只图赚钱的医生，就会胡乱说上一气，再开些药，把病人打发走了事。可是乐显扬不这样，他决定到孩子的家中实地勘察一番。乐显扬亲自登门诊病，让病人家属非常感动，甚至有些诚惶诚恐。要知道，这可是“太医”，是给皇上皇子看病的大夫！乐显扬仔细观察了一下病人的家，他来到后院时，孩子的父母都劝他：“这儿除了堆旧物的破棚子、一棵枣树、几蓬杂草以外，什么也没有。您就别在这儿久留了。”