清宫御药房系仿明制而建，设立的时间是顺治十年（１６５３），设立之初属太医院。为设立御药房的事，顺治皇帝还和大臣发生了一场争执。当时有个叫郭一鹍的礼部官员出面反对设立御药房。他大发宏论说，设御药房会使皇上倾心于医药，不能集中精力关注国事。身为帝王，只要减少嗜好和欲望，省去游乐，多和大臣接触，集中精神关注政事和学问，就会理义深入人心，政治清和开明，国家强大兴盛，区区医药的作用何足道哉！他的这番牛头不对马嘴的“高论”，被顺治帝斥为“胡说八道，显然是想借此机会沽名钓誉，着有关部门讨论从重处理！”（“妄端进奏，显系借此沽名，著从重议处。”）结果，郭一鹍获“降一级调外用”的处分。自此，清廷的御药房才建立起来。

清朝的御药房是一个庞大的机构，有“外药房”和“内药房”之分。外药房给各宫太监及管事们供药；内药房才是专门负责给皇帝、后妃供药的，同时兼管制药、煎药。大约在同治年间，宫廷里还设了专门为后妃服务的寿药房。

清朝的御药房虽然有一段时间归太医院管，但以内务府管辖的时间最长。后来，因为宫内用药量日渐增加，御药房又下设内宫药房，乾清宫、储秀宫、宁寿宫、寿康宫、寿安宫、永和宫等都设有内宫药房。此外，在各行宫，如圆明园、颐和园及承德避暑山庄等处也设有药房。各药房都可向同仁堂派差。现存的御药房档案中记载了大量同仁堂向御药房提供中药材和中成药的情况。其中有几百种同仁堂的仿单。仿单是广告或药物说明，有一种仿单，就意味着御药房曾进过这种药。此外还有同仁堂为宫廷提供各种差役的记录。

这些药物既然是供帝王后妃所用，要求自然就很高，要“地道、上等、纯洁”。但是清宫似乎并没有自己的用药规格。研究清代宫廷医学的专家关雪玲在其《清代宫廷医学与医学文物》一书中指出：“提到清宫用药的重要依据，有这样一种说法：‘宫廷用药与民间不同，在规格上十分讲究。如根茎类地黄、白芍等要用枝条粗壮的；而肉桂则要用肉厚油足的；种子类的药材，如砂仁、蔻仁则须用成仁饱满的……凡不符合规格的都不能在宫中使用。’其实，这种关于药材规格的要求指的并不是清宫，而是同仁堂的选购药材的准绳，至于清宫用药的规格，目前尚未发现有文字记载。”也就是说，清宫的用药规格实际上以同仁堂的标准为标准，至多再严格一些而已。

“供奉御药”有一套严格、繁琐的程序。每次进药，都要由御药房的两名吏目负责验收。有时，所进的药材还要由皇帝御览后，才交御药房保管。至于从交药、入库到最后“赴广储司领银”，更是要层层审批，因此形成的“粘单”（类似于今天的“三联单”、“五联单”等），有的竟长达数尺。

为了保证万无一失，清廷还设立了来往于宫廷和同仁堂之间的专职人员，这种人被称为“药商”。

同治四年（1865）八月的一天，崇文门前等待过关的车马人员排起了长队。因为商贩必须在“崇文门商税事务衙门”交税后才能进城，因此，这里常常是长龙成阵。就在这时，一辆骡车竟然绕过长长的队伍，径直往城门而来，一些正在等待进城的人嚷了起来：“嘿，怎么不守规矩！”