在质量管理方面，同仁堂的优秀传统仍在继承、发扬。至今，各药厂在配料工序中仍一丝不苟地执行着“三检斤、四核对”的制度。“三检斤”就是各种原料在起货、掺料、移送时一定要依配料单检查各味原料药材的重量，“四核对”是将每一味原料药在配料、抓样、剩料、计算余亏时一一核对。这样就自始至终地坚持了“不合格的原材料不投产，不合格的半成品不往下道工序送，不合格的成品坚决不出厂”。这些不厌其繁的质量把关程序，与当年供奉御药时的要求是一脉相承的。现在同仁堂始终坚持不合格的原材料不投产，不合格的产品不往下道工序转，不合格的成品坚决不出厂。

中药行里有句行话——“丸散膏丹，神仙难辨”，意思是药材一旦被制成了丸散膏丹，就很难检验了。现在同仁堂经过长期的科技攻关，已经能够采用现代检测仪器对药材和成药进行分析检验了。在同仁堂的检验室里可以看到气相色谱仪、液相色谱仪等现代化的仪器，即使有气味、带水分的原料，也会在这些现代化仪器的监测下露出真容。在同仁堂先进的生产线上，还安置有在线检测设备，可以在生产过程中进行质量控制。因此，也就不会出现乐达义吃到嘴里才发现药丸有渣的情况了。当然，由于中药的特殊性，现在有些特殊工序，如某些药材的真伪、炮制的火候等，仍然需要用人的经验进行鉴别。因此，同仁堂一是充分发挥专家和老技工的作用，二是注重对年轻一代的传帮带，同时不断研究用现代科学技术手段来替代人的感官鉴定。同仁堂各子公司都按照ＧＭＰ的要求，建立起了设施完备的化验室和专职质量检查队伍。虽说“丸散膏丹，神仙难辨”，但掌握了现代科学技术的质量检查人员，犹如有了“火眼金睛”，他们比神仙可高明多了。

在门市上，同样有严密的规章制度，保证顾客的利益。凡是在门市上出售的饮片，必需在购进后进行二次加工，去除杂质后方能上柜销售。因此，同仁堂销售的饮片质量更高。对于名贵药材，如人参、鹿茸、牛黄等，在收购时要由经验丰富的中药鉴别专家把关。药品一经购入，要由专人进行加工、分级，如人参就要分为七个等级。在门市上出售的五级以上的参，还要附上本品的照片及专家鉴定书。药店在抓方取药过程中，还采取了算方、抓药、核方、递药“四签字”和姓名与人、双方的牌号、药与方、有配伍禁忌、付款与收据是否相符的“五对号”。这些行之有效的制度，在执行了ＧＳＰ（即《药品经营质量管理规范》）之后，得到了更好的贯彻执行。

同仁堂集团对质量的监督管理，有一整套严密完整的制度，其中有些还是同仁堂的创新。例如同仁堂集团实行了“质量派出制度”，下一级的质量管理人员均由上一级质量管理机构聘任后派出。他同时对本单位和上级质量管理机构负责，叫作“一岗双责”。这样就充分体现了母公司对子公司的质量监管权。这个创新做法得到了上级的肯定。

澳大利亚药品管理局（ＴＧＡ）首次对同仁堂股份公司下属四个企业的八条生产线进行了三天的考察认证，就一次性全部通过。澳大利亚卫生部药品管理局局长斯雷特尔先生还专程飞到中国，亲自向同仁堂颁发了认证证书，并且对同仁堂在药品生产各方面的先进管理给予了充分的肯定。