２００８年３月１４日，现任中华人民共和国卫生部部长，当时还是中国科学院副院长的陈竺院士领导的团队在《美国国家科学院院刊》（ＰＮＡＳ）上发表了一篇论文，对含有雄黄的中药“复方黄黛片”进行了分子水平的生物化学分析，说明了复方黄黛片治疗白血病的机理。复方黄黛片对治疗急性早幼粒性白血病效果很好，它就是按中药“君、臣、佐、使”的配伍原则配方的。硫化砷是“君药”，丹参酮是“臣药”，靛玉红是“佐药”。丹参酮和靛玉红又都起到“使药”的作用。因此，复方黄黛片这几味药联合应用，产生了协同效应，对于被认为是最凶险的急性早幼粒性白血病，疗效大大增加，五年生存率可以达到８７％。陈竺院士的这一研究成果在国际上得到了好评。这一研究成果也进一步证实了同仁堂科研人员对雄黄、朱砂的认识是准确、深刻的，只要使用得当，这些中成药就是安全的，大可不必为其中含有的重金属担忧。

过去的疾病谱和现在的疾病谱已经大不一样了：过去因为贫穷和生活条件恶劣而产生的许多疾病如营养不良、贫血、风湿等，现在已经越来越来少，而随着生活水平的提高，所谓“富贵病”，如高血压、高血脂、高血糖的患者却越来越多。因此，同仁堂不仅为今天的市场研发新药，更为明天的发展开拓新路。为此，同仁堂集团高度重视科技创新机制的建设。“１０３２工程”中有三个“二”，其中一个“二”就是建立同仁堂研究院和同仁堂中医医院这“两个院”。自从２０００年以来，同仁堂集团已初步构成了较为完善的技术创新体系。在这个体系中，董事会是公司实施科技创新的决策机构，由五位两院院士和知名专家组成的“同仁堂发展委员会”是集团公司科技创新的指导和咨询机构。而“北京同仁堂研究院”和国家级的复方药物开发中心，则是具体负责研发的单位。

中医药向来有“医药一体”的传统，用现代的观念解读，就是强调“实践第一”的思想。２００６年，集团公司启动了同仁堂中医院建设工程，它作为临床基地，可以大大促进同仁堂集团的创新能力。经过三年的建设，在２００９年初，同仁堂中医院落成开业。这所现代化的中医院，继承和吸收了中医文化的优秀传统，也吸收了现代科学技术的成果，更聘请了一批医术高明、医德高尚的名医，再加上有同仁堂久负盛名的各类中成药和饮片的支撑，给患者带来了健康和希望。２００９年６月２２日，北京同仁堂集团举行了隆重的仪式，命名了１６位中医大师，这16位中医大师是从北京同仁堂中医医院７０余名老中医中择优选拔的“名人”，其中有方和谦、陈彤云、柴松岩、危北海、张炳厚、施小墨等人，他们中年龄最大的８８岁，最小的也有６４岁，大部分都是国家级的名老中医。

以同仁堂中医院的落成开业为标志，“１０３２”工程宣告全部完成。同仁堂在“名厂、名店、名药”的基础上，又增加了“名院和名医”，被人称为“名厂、名店、名院、名药和名人”的“五名”战略。从此，同仁堂真正走上了“医药结合”的科学发展之路。

同仁堂中医院从建立之始，就继承“济世养生”的传统，体现了“善待社会”的宗旨，全心全意地为病患服务。他们不仅有一批名医，更有周到细致的服务。他们开辟了电话挂号、网上答问等项目，大大方便了病人。２００９年１０月１３日，在得知我国著名女科学家、中国科学院资深院士、核物理学家、“两弹一星”功勋奖获得者钱三强的夫人何泽慧患病的消息后，同仁堂中医院派宋福印副院长亲自登门，为何泽慧院士义诊，并且取得了良好效果，体现了同仁堂对科学和科学家的尊重与关怀。