然而，1858年开始的英国直接殖民统治，使南亚次大陆印度教徒和穆斯林开始认识到，英国人对他们祖国的统治是对他们爱国心的公开挑战，也是对他们有能力作为一个独立的民族维持自己生存的公然否定。但是在一个宗教既是信仰也是一种生活方式和民族标志的社会里，民族意识的觉醒必然同强调宗教团结相互一致。特别是自20世纪初以来，政治权力的竞争和影响使许多政治家在民众中宣扬宗教激情。这样在民族解放运动中，次大陆内印度教徒和穆斯林之间的民族和宗教矛盾开始滋生并一步步恶化，最终尖锐地表现在两大政治力量（国大党和穆斯林联盟）的建国理念及其政治实践上。

以贾瓦哈拉尔·尼赫鲁为典型代表的国大党领袖们在争取民族独立的斗争中，梦想以大印度“联邦”的形式全盘继承英帝国留下的“遗产”，认为穆斯林联盟所主张的“伊斯兰国家”根本就不是国家而是“一种宗教上的联系”，在大印度国家内建立一个伊斯兰国家“在政治上，这种观念是荒谬的；在经济上是不可思议的”，它意味着“现有意义下的国家不得发展”。①

与之相反，曾经一度担任过国大党主席一职的阿里·真纳则开始强化自己的政治组织——穆斯林联盟，并认为“印度教徒和穆斯林……属于两种不同的文明。这两种文明大体上是建立在相互冲突的思想观念上”② ，为此下决心同印度教徒决裂，建立独立的穆斯林国家——巴基斯坦。因此，穆斯林联盟的领袖们提出了“两个民族”理论，即印度教徒组成印度民族、印度的穆斯林组成穆斯林民族，据此把英属印度分成两个独立的民族国家——印度斯坦和巴基斯坦。早在独立之前，作为“两个民族”理论最坚定的倡导者的乔里拉·拉赫马特·阿里在谈到印度教徒和穆斯林之间的思想冲突时就深刻地指出：“这个冲突既不是宗教之间的冲突，也不是经济上的冲突。实际上，是两种民族愿望之间的国际冲突——穆斯林为了生存，而印度教徒为了超人一等。”

1943年，在一次演讲中，真纳号召穆斯林团结一致。他说：“过去从来没有一个被人误称为少数民族的民族如此迅速而又如此有效地坚持过自己的权利……我们已经实现了意见的一致及见解和思想的统一。……让我们与我们的领导人合作，全力支持他们为我们的集体利益而奋斗。让我们把我们的组织建设得更强大。……我们，穆斯林，必须主要依靠我们自己固有的品质、我们自己天生的潜在能力、我们自己内部的团结一致和我们自己统一的意志，来面对我们的未来。……锻炼你们自己吧，准备好去完成我们面前的任务吧。最后胜利有赖于你们，我们也一定能取得最后的胜利。”1944年3月23日，真纳在纪念“巴基斯坦日”的文告中说：“印度穆斯林不达目的决不罢休。……巴基斯坦对我们来说，就意味着我们的安全、我们的解放、我们的命运。”在争取独立的斗争中，穆斯林联盟领袖们要求在英国人离开之前，按照“两个民族”的理论将英属印度分治，建立两个独立的民族国家——巴基斯坦和印度斯坦。

1946年，国大党组建了临时政府。很快，教派流血冲突剧增。其中，在农村的仇杀特别残酷。例如，在拉瓦尔品第区的一个乡，就杀死了800人。尔该区被杀死的人数多达4000人。

到1947年前后，次大陆因民族教派矛盾而濒于内战的边缘，而且发展到唯一能和平解决的方式便是建立两个民族国家。对此，尼赫鲁曾痛苦地说：“我们不得不砍掉脑袋来摆脱头痛。”而此时英印政府已难以维持法律和秩序了。在无可奈何的情况下，英国首相艾德礼于1947年2月20日宣布，英国最迟将在1948年6月以前从次大陆撤退。

1947年3月22日，英国新任印度总督蒙巴顿勋爵一到任就下定决心提前结束英国在印度次大陆的统治。6月3日，蒙巴顿勋爵抛出了“印度独立方案”，即通称的“蒙巴顿方案”。其主要内容是：（１）英属印度根据居民及其宗教信仰，分成两部分，即印度教徒的印度斯坦国和伊斯兰教徒的巴基斯坦国。两国分别建立自治政府，并都将获得自治领地位。（２）巴基斯坦由东巴基斯坦和西巴基斯坦两部分组成；在分治前，先解决旁遮普和孟加拉的划界问题。（３）各土邦在“政权移交”后享有独立地位，并可自行决定加入印度或巴基斯坦；如果某个土邦不愿加入两个自治领中的任何一个，它可以保持同英国的旧关系，但不能获得自治领地位。1947年8月14和15日，根据分治方案，巴基斯坦和印度先后宣布独立，成为英联邦内的自治领。