8月20日，廖仲恺在国民党中央党部门前被暗杀。当天，国民党中央执行委员会、国民政府委员会和军事委员会召开联席会议，鲍罗廷提议由汪精卫、许崇智、蒋介石组成特别委员会，并“授以政治、军事及警察一切全权，应付时局”。广东政府的最高实权，便由国民党中央政治委员会转移到特别委员会手中。鲍罗廷担任特别委员会的顾问，正是这位顾问，把蒋介石推上了这个最高、最有力的领导地位。这是蒋介石夺取政权的第一步，也是决定性的一步。

与此同时，蒋介石也在不断扩展自己的势力。在廖仲恺被暗杀的当天，蒋介石下令对广州市实行戒严，还命令何应钦率部执行市区警戒任务，并派兵占领了市区制高点。8月24日，蒋介石宣布就任广州卫戍司令。两天之后，即8月26日，军事委员会对包括粤军在内各部队进行改组，蒋介石担任国民革命军第一军军长。粤军的改组表明蒋介石在军队中的地位日趋巩固，许崇智却极大地丧失了权力和影响。

然而，事情并没有就此止步，蒋介石还利用廖仲恺一案逼走了许崇智。在这一点上，鲍罗廷同蒋介石是一致的。在鲍罗廷看来，许崇智“不是革命将领”。“孙逸仙及其衣衫褴褛的饥饿军队处境十分困难时，曾向富豪许崇智寻求过帮助”，但他没有答应。哪怕孙中山要求许崇智提供1000元，他也不会给。更不用说他对孙中山的任何顺从了。所以，“孙逸仙很憎恨他”。鲍罗廷曾花费很大精力劝说许崇智“加入忠实于孙逸仙和三民主义的人的集团，但没有成功。”于是，鲍罗廷开始怀疑起许崇智。

廖仲恺被暗杀，促使鲍罗廷决心除掉许崇智。因为鲍罗廷发现，许崇智的部下梁鸿楷“直接参与了这场阴谋”。鲍罗廷决定对梁鸿楷采取行动，但许崇智拒绝执行。在此情况下，如果不除掉许崇智，也就无法解除梁鸿楷的武装。“在说服许崇智，把许崇智拉到我们方面的一切努力都无效后，无论如何要清除他。”同时，为了对付陈炯明，鲍罗廷决定“以排除许崇智为代价”。总而言之，鲍罗廷认定，“除了排除许崇智别无出路”。

9月9日，蒋介石致信汪精卫，对许崇智表示不满，说许崇智不顾大局，把持财政，欲限制第一军的发展。9月15日，许崇智打算调集驻扎东莞、石龙的粤军回广州。9月18日，军事委员会命令蒋介石“全权处置粤局”。当天夜里，蒋介石下令黄埔军校学生抢占了广州周围的要地，防止许崇智的粤军回师广州。第二天，蒋介石致信许崇智，劝他“暂离粤境”。随即，许崇智在武装“护送”下离开了广州。同时，国民政府准予免除许崇智军事部长、粤军总司令和财政总监的职务。

赶走许崇智之后，特别委员会实际上成了汪、蒋两人的“专政”。而且，许崇智离开广州，这对蒋介石后来成为国民党军事领袖具有决定性的意义。随后，鲍罗廷又帮助蒋介石成功地逼走了胡汉民。