华盛顿为了促使苏联参加对日作战，却又不愿意以牺牲美、苏关系为代价来扶助一个腐败的国民党政府。罗斯福曾告诉孔祥熙，如果中国同苏联闹纠纷的话，在目前这种情况下，美国无法提供任何帮助。结果，国民党的反苏情绪暂时被抑制下去了。国民党官员似乎已经形成这样一种认识：当战争正在进行之际，抱怨来自苏联的威胁，那是非常愚蠢而危险的。现在说苏联的不是，对国民党没有多大好处。

这个时候，新疆问题对中苏关系无疑是一个严峻考验。苏德战争爆发后，苏联在战争初期遭遇了极大困难。新疆的盛世才以为苏联可能支撑不住了，在国民党政府的拉拢下，于1942年8月投靠了蒋介石，迫使苏联的势力退出新疆。蒋介石把新疆的归顺称为“国民政府成立以来最大之成功”。中苏关系也由此降到了自“九一八”事变以来的低谷。

1944年春夏，白俄罗斯战役结束，苏联对德战争的胜利局势已基本确定。莫斯科开始考虑对日作战的问题了，斯大林已决定派遣华西列夫斯基元帅指挥苏联远东部队。苏联又有时间和精力策划对新疆的卷土重来。在组织上，苏联积极帮助新疆少数民族建立各种秘密团体。在军事方面，苏联向新疆少数民族反抗组织提供了大量武器，还在苏联境内为武装暴动培训军事干部，甚至派遣军事顾问直接参与对新疆游击活动的领导和组织。苏联在阿拉木图和安集延建立了两个军事基地，专门训练逃亡到苏联境内的新疆少数民族反抗人士。阿拉木图基地负责正规战训练，安集延基地负责游击战。1944年4月上旬，蒙古人民共和国领导人乔巴山来到新疆青河县，会见了当地反抗组织首领，给他们派来了一批军事顾问，还运送了武器弹药。在阿山暴动过程中，他们不断从蒙古得到大批武器。

对于苏联重新染指新疆的行为，蒋介石的态度起初十分强硬。他甚至调兵遣将，准备不惜同苏联一战。同时，蒋介石还向罗斯福告斯大林的状，希望美国对苏联施加压力。3月17日，蒋介石致电罗斯福，说他对标有苏联徽记的飞机对外蒙古边境上的新疆军队进行攻击深感不安。他警告说：不能简单地把这看作是一种地方性事件，而应当把它看成是“对苏联当前和未来的远东政策的极其重要的说明”。蒋介石还告诉罗斯福，他对新疆、俄国人、外蒙古和中国共产党使中国布尔什维克化的意图感到焦虑。