第二次是在中共八届十二中全会的闭幕会上。毛泽东主要是为一些被林彪集团、江青集团揪住不放的老同志说话。毛泽东说：“有些同志对于所谓‘二月逆流’这件事不大了解，经过十几天，就比较了解了。在这个全会上，由犯过错误的同志说明他们的问题，大家又对他们有些质问，他们再说明问题，又再质问，好像经过这么几次反复嘛，大家都比较清楚了。这件事嘛，要说小，就不那么小，是件大事。要说那么十分了不起呢，也没有什么十分了不起。他们有意见要说，几个人在一起，又都是政治局委员，又是副总理，有些是军委副主席，我看也是党内生活许可的。他们也是公开出来讲的。这个世界上面，总是左、中、右。统统是左派，我就不那么赞成。九大代表‘二月逆流’的同志们如果不参加，我看就是个缺点。陈毅同志，你就以那个右的那一方面的资格，以这个身份来参加九大。对于党内一些老同志，要一批二保三看。清理阶级队伍，注意一个‘准’字，不要搞‘逼供信’那一套。对于学术权威，注意不要做得太过分。冯友兰、翦伯赞可能还有某种用处。批是要批的，保还是要保的。邓，大家要开除，我有点保留，他和刘还有点区别。‘多中心’不对。”

毛泽东在这两次讲话中，首先对邓小平在长期革命战争中的巨大历史贡献给予了充分肯定：邓小平在战争时期是打敌人的；其次是对邓小平的革命斗争历史进行了充分肯定：邓小平历史上还未发现有什么问题；再次是坚持把邓小平留在党内，不能像对待刘少奇那样“开除党籍”。

中共八届十二中全会闭幕以后，筹备召开中国共产党第九次全国代表大会的工作正式列入议事日程，各项准备工作相继展开。起草中共九大的政治报告，是准备工作中的一件大事。为了争夺政治报告的起草权，陈伯达与张春桥、姚文元之间又进行了一番激烈的争斗。最后陈伯达与康生、张春桥、姚文元（张、姚执笔）各起草了一份政治报告。后经中央讨论，林彪在九大上宣读的是由康生、张春桥、姚文元起草的那份政治报告。

在陈伯达最初起草的政治报告文稿上，曾经写有“刘、邓路线”的话，毛泽东否定了陈伯达的这种提法。

据陈伯达生前回忆，“‘九大’前，原来决定要我和张春桥、姚文元共同起草政治报告稿。我不愿同张、姚等人合作。起草人名单上，是我列在前面。我就自己着手，并组织几个人帮助搞材料。在我起草的稿子上，我写过关于‘刘、邓路线’的话。毛主席看过，说了一个重要指示：‘邓小平同志打过仗，同刘少奇不一样，报告上不要提他。’”

从上述毛泽东一系列讲话中可以看出，尽管毛泽东在“文化大革命”中犯了严重错误，但在他的内心深处，还是始终对邓小平有着很好的看法。在“文化大革命”那样特定的历史条件下，毛泽东的话是“最高权威”，是全党全军全国人民必须“字字句句坚决照办”的“最高指示”。邓小平在“文化大革命”中之所以没有遭到刘少奇、陶铸那样的厄运，毛泽东的政治保护是一个极为重要的因素。

林彪集团在“文化大革命”中之所以要处心积虑地整倒邓小平，其目的就是为林彪篡党夺权，谋求“接班人”的地位扫清道路。在中共八届十二中全会上，毛泽东不顾林彪、江青两个集团的鼓噪，坚持保留了邓小平的党籍，这使林彪、江青等人如鲠在喉，难以安枕。

林彪虽已被指定为毛泽东的接班人，但他深知，只要邓小平一天不倒，就威胁尚存。唯有置邓小平于死地，方可解除后顾之忧。于是，林彪、江青等指使“邓小平专案组”加紧进行工作。

江青、康生多次指示“邓小平专案组”，要尽快突击攻下邓小平的所谓“历史问题”。中央专案组第二办公室为加强“邓小平专案组”的外调力量，专门从驻京西宾馆的“叶向真（叶剑英的女儿）专案组”抽调人员进行补充。此后，兵强马壮的“邓小平专案组”加快了活动步伐，四处搜罗取证。赴陕西小组负责调查邓小平1927年初由中共组织派驻冯玉祥部队时的情况；赴上海小组负责调查1928年邓小平在党中央机关工作，和1930年、1931年两次从广西红七军回上海汇报工作的情况；并提审有关人员讯问邓小平留法勤工俭学时期的情况；赴安徽小组负责查找1931年邓小平代表中央巡视安徽省委工作时的线索；赴江西小组负责全面调查邓小平1931年到中央苏区后的活动；赴广西小组负责查证邓小平1929年在左、右江革命根据地的活动；赴湖北小组负责提审邓小平的弟弟、原武汉市副市长邓垦；赴四川小组负责审查邓小平的家世及在家乡的活动；赴天津小组负责找人调查邓小平当年在冯玉祥部队的情况；还派员前往广东、宁夏、湖南、辽宁、江苏等地找邓小平当年的老部下调查取证。

“专案组”人员到处调查取证，仅赴广西小组的3人，在不到两个月里，就跑了4个地区，22个县，提审调查了200多人。

在北京，1969年夏季，“专案组”人员整日奔忙，找在京的人证进行调查，滕代远、袁任远、莫文骅等老同志均受到讯问。在调查中，“专案组”人员面对的时常是一些老同志、老将军。这些身经百战的老共产党员，对于“专案组”用心险恶的查讯，有的本着实事求是的态度予以回答，有的则干脆回避或不予理睬。当“专案组”人员找大将张云逸调查时，就被以“首长身体不好”为名予以拒绝，吃了闭门羹。“专案组”人员在黄永胜和吴法宪的亲自安排下，还找中华人民共和国元帅、中共中央军事委员会副主席聂荣臻进行了一次调查。1969年7月20日，在京西宾馆的一个小会议室里，德高望重的聂帅坐在一张藤椅上，面对“邓小平专案组”人员的提问，侃侃而谈。聂帅从20世纪20年代初期留法勤工俭学时起，就与邓小平成为战友，相知甚深。让他谈邓小平，他可是知道得太多了。聂帅谈得极富耐心，一谈就谈了差不多40分钟。他谈的内容，等于把邓小平为共产主义事业而奋斗的历程从头至尾述说了一遍，至于“专案组”人员所要的“材料”和“问题”，连只言片语也未涉及。最后，聂帅说了一句：“我身体不好，今天就谈到这里吧。”随后，在秘书的陪同下，头也不回地走了。“专案组”人员听了半天，一无所获，大为懊丧。

从1968年6月起，在一年半的时间里，“邓小平专案组”为搜寻所谓邓小平的“材料”，先后派出外调小组93批，外调人员223人次，地域涉及15个省、市、自治区，140多个市、县，行程30多万公里。多次往返出入于中组部、中宣部、交通部、公安部、统战部、化工部、一机部、七机部、水产部、解放军总政治部、中央办公厅、中央调查部、中办机要局、对外文委、新华社、《人民日报》社、北京市革委会、北京卫戍区、全国总工会、全国妇联、民航总局、中科院及哲学社会科学学部、宗教局、中央高级党校、中国历史博物馆、空军司令部、海军司令部、北京农业大学、解放军政治学院、最高人民法院、中国人民银行、马列主义编译局、中国医学科学院、北京二七机车车辆厂、民革中央、秦城监狱等近百家单位。

经过反复调查后，“专案组”在写给康生、黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏的一份报告中，不得不哀叹：“关于邓小平的历史问题，经反复查档、调查，到目前为止，除了入团、转党问题尚未找到直接人证，以及一些执行机会主义路线的问题外，还没有查到有被捕、叛变、通敌等重大问题的线索。”