由于第一次合同中有些问题没有列入，中美在1944年秋天又补充签订了第二次合同。除了正式规定美国为军统训练新式特务分子及供应有关器材外，并答应由军统选派大特务40名分两批赴美留学，为军统培养出一批高级骨干分子。除来往旅费及制装费由军统负担外，所有在美国受训时费用由美方供给，每人一万美元。

在第二次合同中，规定美方供应的武器、交通工具等在数量上均有增加。仅十轮卡车便增加到2000辆和全部维修设备，中小吉普增到120多辆，其他医药、电讯制造器材等也有所增加。而抗日战争结束后，“好心肠”的山姆大叔仍怕特务部队屠杀中国人民的武器不够用，又从冲绳等地送来3000吨各式武器给军统，并海运至秦皇岛。后来因戴笠死去，内部争权夺利，对这件事未即处理。蒋介石知道后，便全部拨交前往东北的新六军军长廖耀湘接收了。这批武器虽未送到军统手中，却同样达到了以中国人用美国武器杀中国人的目的。美帝这一阴谋，实现得可谓是天衣无缝，梅乐斯也因此在几年间由一个中校连续被提升到了准将。

美帝对梅乐斯与戴笠的合作越来越重视，除了美国总统代表赫尔利到中美所视察过外，美帝第七舰队司令柯克上将也前往视察，对该所工作极为满意。戴笠更兴高采烈，特意隆重设宴招待这位海军上将，国民党一些高级将领如程潜、张治中以及周至柔等都被邀作陪。由于梅尔斯在中国取得很大成绩，美帝的其他特务机关便非常眼红。杜诺万到重庆时，曾与梅乐斯商谈要他把一些有关情报分别供应给陆军方面和在华美军高级将领。但是梅乐斯不同意，结果被杜诺万把他扣留在美驻华大使馆一天多，才放他出来。由于梅乐斯一向气量狭小，受了这一打击，竟弄得神经失常，1945年春回美国医治了几个月，直到“二战”快胜利时才病愈返回重庆。戴笠去世后，他也送去了挽联和花圈，并亲自到场表示哀悼。

如果说戴笠和梅乐斯的感情还是出于私人情谊，那么他对美国太平洋第七舰队司令柯克的关系则更多的是借以利用。1946年初，戴笠还邀请柯克到北平一游，这是戴笠与柯克的最后一次见面。当时柯克即将退休归国，以美国海军耆宿的地位，仍然不失为海军界的红人。