院政与保元、平治之乱

但令摄关家命运不济的是，即使把女儿送当后妃却接连地不生男孩。为此，公元1068年，拥立了与藤原氏全无外戚关系的皇子为天皇（后三条天皇）。以“领取”们（国司们）为核心的反摄关家势力，借此机会都集结于天皇左近，策划整治摄关家经济基础的庄园。但以天皇的地位理政，还必须通过关白和大臣即摄关家的议政。因此，事情也并不如意。因而，在这下一代的白河天皇（公元1053—1129年）在位13年后就让位当了上皇（公元1086年），并在其宫殿（院）设“院行”（院的办公处），以心腹的贵族主要是由“领取”（国司）出任官员，开创了所谓的院政。从此，院政时期竟达44年之久。

白河院政虽压制了摄关家，但其“政治”内容与摄关“政治”并无不同之处。他们借口整治文件不全的庄园，夺取了不属自己派系的庄园，滥定知行国，并由院及其近臣独吞收益，营造豪华的离宫，沉迷于骄奢淫逸的生活之中。特别是白河院沉溺于佛教迷信，接连建造壮丽的寺院，塑大佛，不但多次拜谒纪州高野山（金刚峰寺）与熊野神宫，而且还禁止杀生，违者即判处死刑无赦。为此，渔夫和猎户都无法生活，人也吃不上鱼，国中怨声载道。

白河院之后，经鸟羽、崇德和后白河三代上皇时期，院政已成惯例。在这期间皇室、摄关家与贵族以及南都北岭的大寺院之间，复杂的权势之争，一年比一年激烈。摄关家，从其全盛时代就把源氏的武士团作为“侍”（在旁侍候之意）来利用，白河院政则将平氏的武士团安排在院办公处的朝北之处，作为自己的武装（“北面武士”）。大寺院与神社的“僧兵”，在院政时期更加强大。他们还经常向院告状，要求制止国司侵犯他们自己的庄园。这样，源氏和平氏的武士团，开始时还甘受摄关家与院的利用，但一旦开始要诉诸武力时，不久，他们也就想捞得与他们实力相适应的地位了。

公元1156年（保元元年）鸟羽上皇及其次子后白河天皇一派与崇德上皇（鸟羽上皇长子）之间的矛盾，与关白藤原忠通及其弟左大臣藤原赖长的矛盾联系起来。借鸟羽上皇逝世之机，崇德上皇与藤原赖长派以源为义与源为朝父子及平忠正的兵力袭击了天皇与关白一方。天皇方面动员了源义朝（源为义之子）与平清盛（平忠正的外甥，公元1118—1181年）的军队，战斗仅一天天皇方面胜利，崇德上皇被流放到讚岐译者注：讚岐为日本古地名，即今之日本香川县。，藤原赖长战死，源为义为其子，平忠正为其侄平清盛所杀（保元之乱）。

皇室、摄关家与武将都是在父子兄弟互相残杀的权势之争中天皇方面获胜一事，与其说是天皇与关白的胜利，不如说是武士阶级对皇族、贵族阶级胜利的第一阶段。此后，平清盛为后白河院所器重，其势力也得到迅速增强。对此，源义朝怨懑不堪。公元1159年（平治元年）趁平清盛拜谒熊野之机举兵，幽禁了三条天皇与后白河院。政变颇似成功，及平清盛闻急返回京城后，迅速扭转了局势，源义朝方面彻底被击溃（平治之乱）。源义朝自己在逃往东国途中被谋杀于尾张国。其子源赖朝（13岁）在即将同时被杀的一刹那，由于平清盛继母的调解，一命得救，而被流放到伊豆（岛）。另外，源赖朝的异母弟牛若（后来的源义经）与其母常盘一起在京都被捕获。因为还是个不满周岁的婴儿而未遭杀戳，被安置在鞍马寺。