公元1268年（文永五年）忽必烈的使者首次来到大宰府要求建交。幕府将此事报告了朝廷，同时，并拒绝了这项要求，还将元使遣回。其后，忽必烈曾几次要求建交。公元1270年（文永七年）第五次来日的元使转达了元朝皇帝的旨意说，日本如不向蒙古朝贡，元朝就将出兵。这时18岁的青年“执权”北条时宗（公元1251—1284年）断然拒绝了这一要求，并压制了朝廷的妥协态度，命令西国的“守护”与“地头”做好防卫的准备。蒙古方面，也强使高丽建造兵船与征兵，并于公元1274年（文永十一年）10月初，以900艘的舰队，3300人的兵力，占领了对马与岐两岛，使全岛成为废墟。继而侵入肥前松浦郡，同月18日，又更深地侵入到博多湾内。

以肥前松浦党的武士为首的九州御家人，在守护少经资指挥下，大力奋战。但因日本骑马武士的个人战法，对元军的步兵集团战法以及日本人从未想象过的枪炮，使日军失利，不得不暂退却到大宰府附近。但元军有个重大弱点，这就是被元朝驱赶来的高丽人，毫无斗志，而强迫他们造的船舶也是不坚固的。元军即使穷追日军，但也不在陆地宿营，夜里仍返回舰队。该夜适遇大暴风雨，元舰沉没200余艘。残余元军就此撤走，日本遂幸免于难（文永之役）。

幕府为了防备元军再来，令在西国有领地的御家人统统返回领地，并不问公家领地还是庄园，连非御家人的武士也进行了动员。这期间，元朝灭亡了南宋统一了中国。公元1279年（弘安二年）再次催促日本朝贡。北条时宗不仅拒绝了这一要求，在镰仓斩了元使，还积极筹划远征高丽。正在准备期间的公元1281年（弘安四年），元军分成东路军4万人和江南军10万人再度来犯。日军正在阻击先到的东路军登陆时，江南军也到了。闰七月一日，元军尽全力攻博多。但该夜又遇大暴风雨，元舰4000余艘中得免于沉没的仅为200余艘，兵员丧失五分之四以上，遂败归（弘安之役）。

胜利的条件与战争的影响

这时的元军甚至连农具都准备了，具有长期占领的打算。但其内部有着与上次同样的弱点。强迫高丽人与汉人造的船舶不坚固，在陆战中无敌的元军，在海战中却不得不依靠对元军心怀怨恨的宋朝降将的指挥。相反，日本方面，西国武士们为保卫自己领土的决心是很大的。北条时宗以其统率力，在某种程度上成功地不问公家领地还是庄园都动员了兵船、粮食与武士，很好地阻击了元军登陆，致使偶然的大暴风雨成为元军全军覆没的条件。如果这一来犯发生在平安朝的院政和摄关政治之时，果真能持续到暴风雨使元朝的船舶沉没吗？另外，如果日本与中国大陆陆地相连，就不会产生元军依靠高丽人与汉人渡海的这种弱点。那么，日本恐怕就不免要被征服了。日本得以克服空前的外患，是由于这样一种历史条件，即日本有着当时元军海上运输力无法克服的岛国这样一种地理条件，以及当时日本社会已经摆脱了无能的天皇与贵族统治，并已创建了有着新兴武士阶级朝气蓬勃的社会。

但是却不能将这时武士们的奋战与现代化的爱国心作同日语。因为他们是为他们的领地而奋战的，而在西国无领地的御家人，也未必是欣然踊跃地响应幕府的动员。而且，西国的武士们，在战后还为争夺赏赐而互相推搡。由于不是一场打倒敌人剥夺其领地的战争，因而就没有可作为赏赐的土地。幕府难于处理。而且，幕府本身还利用这次外患扩张北条氏一族的势力。在“文永之役”前后，以防备蒙古来犯为名，将中国译者注：指日本地理区划“中国地方”，包括今之冈山、广岛、山口、岛根及鸟取各县。