幕府机构的整顿与南朝的灭亡

即使在这种不稳定的基础上，足利尊氏仍运用了他的干练的政治手腕，或者与公家妥协，或者就压制它，使各反对派势力互相倾轧，并巧妙地加强自己的权势。公元1358年，足利尊氏病殁，其子足利义铨任第二代将军。他也是以保持守护们势力的均衡来提高将军家地位的。继之，公元1368年足利义满（公元1358—1408年）任第三代将军，于是，足利家族的全盛时代就形成了。他为“执事”细川赖之所辅佐，对九州的菊地和纪伊、河内的南朝方面的武士，不是将其消灭，就是令其投降。此后也仍使守护大名互相倾轧，并在这当中加强幕府的权利。

幕府机构也是在这一时期得到整顿的，亦即，过去一直是足利家族的家务总管形式的“执事”，改成幕府的公务机关，名为“管领”，并由细川、斯波和畠山三家族中选人世袭此职。在其下又设置“政所”（财政）、“侍所”（武装）、“问注所”（管理记录）以及“评定众”、“引付众”（审理诉讼案件）。“侍所”长官（称“所司”）有着次于管领的实权，后来就由赤松、山名、一色和京极四家垄断。不管是三“管领”家还是四“所司”家（称三管四职）都是强有力的守护大名。“所司”，通常是派自家的有势力的武将作为“所司代理”在京都执勤。

这一官制是把将军家族置于强有力的“守护”们势力均衡的基础上，以求得安然的。结果，三管四职互争权势，即使将军家族延续下去，也未能防止原来就不稳定的幕府体制的动摇。从这个体制的最初的管领细川赖之一上台，以斯波为首的强有力的“守护”们几乎就要动兵打他，使他不得不逃回领国讚岐（公元1379年）。另外在此前一年足利义满在京都的室町建造了名为“花锦所”的公家风格的宏伟壮观的住宅兼办公厅。足利家族政权之所以称做室町幕府就是这个原因。

在这期间，南朝势力极度衰落。后世的历史学家考证说，继后醍醐天皇的后村上天皇之后，公元1368年长庆天皇即位，但即位的年月不明，其生母与后妃以及墓地都不为人所知。在这之后的后山天皇时，公元1392年，天皇终于被足利义满所逼而退位。于是北朝的后小松天皇就成了唯一的天皇了。从这以后，其子孙继承历代皇位，直至现在的天皇。北朝虽把这称为“南方投降”，但北朝也只有依靠幕府的保护，而无任何实权。

足利义满期望当太上天皇，却成了日本国王

足利义满的权威，在这前后逐渐确立起来。南朝投降前的公元1391年（明德二年），足利义满挑动兼任山阴地方及其他11个国即日本66国的六分之一的“守护”，并被称为“六分（之）一殿”的大豪族山名氏清发动叛乱，而将其杀掉（明德之乱）。继之，如上所述他又瓦解了南朝。其后，公元1399年（应永六年）镇压了以周防为根据地并身兼六国守护的大内义弘的叛乱，大内义弘失败而死（应永之乱）。其后，其他有势力的守护，也都暂时偃旗息鼓了。

足利义满现在成了事实上的日本国王了。在此之前（公元1394年），他把将军职务让给仅9岁的足利义持，自己则任太政大臣，目的是想在不久之后荣膺太上天皇的称号，在此基础上，他将足利义持的异母弟足利义嗣这个孩子称为“幼君”，并想叫他当“后崇光院”（贞成亲王）的养子，再逼小松天皇让位于幼君。但在行将实现让位之前，足利义满却突然亡故（公元1408年5月）。