1894年的甲午年是中国近代史上非同寻常的一年。是年，蕞尔岛国的日本为实现其独霸东亚的狂妄野心，蓄意挑起中日甲午战争。7月间，日本海军在朝鲜海面向中国海军发动突然袭击，陆军向驻扎在朝鲜牙山的中国陆军展开进攻。8月日1，清政府被迫对日宣战，中日甲午战争爆发。然而，由于清政府的腐败，清军在战场上节节败退。10月下旬，日军即从海陆两路攻入中国本土。1895年4月17日，清政府被迫与日本签订割地赔款的《马关条约》。受此刺激，各帝国主义列强在中国争相划分势力范围，掀起一股瓜分中国的狂潮。

甲午战争的惨败令人震惊，同时也催人觉醒。面对阽危的国势和无能的朝廷，先进的中国人在痛心扼腕之余，纷纷重新探求中国的出路。以康有为、梁启超为代表的维新派发起中国近代史上第一次具有资产阶级性质的变法维新运动，要求变封建专制制度为君主立宪制度，以挽救民族危亡。中国民主革命先行者孙中山和他的战友们则组织成立第一个资产阶级革命团体——兴中会，提出“驱除虏，恢复中华，创立合众政府”的口号，力图以武装起义推翻清朝封建统治，建立独立富强的民主共和政府。甲午战争的隆隆炮声和高潮迭起的民族救亡运动，同样也惊醒了正在科举仕途上平步青云的蔡元培，彻底改变了他的人生道路。

中日甲午战争爆发时，正是蔡元培升补翰林院编修不久。身处京城，使他对民族危机和清政府的腐败和颟顸有较深切的感受。7月15日，在清廷正式宣战前15天，蔡元培就对清军已在朝鲜与日交战，而京城依然歌舞升平的状况深表焦虑和不满。他在读了上海《新闻报》有关朝鲜战事的报道后指出：“日人已发哀美敦战书，订期于昨日十二下钟开仗，据此，则中日已构兵矣。此间杳不得消息，未知若何！”  7月21日，他在和李慈铭《廷树为风雨所折叹》的一首五律诗中，进一步表达了对民族危机的深切关注，谴责李鸿章不派清兵全力入朝作战，期待清廷内能出现像东汉冯异那样勇于御敌的将军，其诗云：

木东隅旧，平平二百年。

拜棠忌鼠器，横草皆狼烟。

三摘敦瓜苦，孤军瘪叶怜。

将军旌大树，谁似节侯贤。

10月7日，蔡元培又以翰林院编修身份列名奏请朝廷，切勿向日求和，割地赔款，建议“密连英、德，以御倭人”，指出：“与其议和而用为赔费，何如战胜而出以犒师，得失甚明，可无疑议。虽他日或有恃功之意，如回纥之需索于唐，然两祸相权，其轻于受侮于倭，则已多矣。”  对于清廷不顾朝野反对，于1895年4月与日本签订丧权辱国的《马关条约》，蔡元培则悲愤交集，认为清廷答应日本的条件，虽“韩、魏于秦，宋于金，不如是之甚也”。他愤怒地谴责清朝统治阶级“疆臣跋扈，政府阘茸，外内狼狈，虚疑恫愒，以成炀灶之计，聚铁铸错，一至于此”。 蔡元培由此对清廷产生极度的失望，是年秋便乞假回乡一年，直至1896年12月才回京销假。1897年冬，德国传教士在山东被杀，派兵强占胶州湾，蔡元培又怒斥清廷“不自强而恃人，开门揖盗，真无策之尤也”，再次表达了对清朝当局者的不满。

受民族危机的刺激和维新思潮的影响，蔡元培从这一时期开始在阅读中国古书之外，广泛涉猎西学书籍。据蔡元培《日记》 所载，他在1894 一1899 年的6 年里所读的有关西学图书多达百余种，兹将他各年所读主要书籍列表如下：

年份

书目

1894年

《游历日本图径》30 卷，《游历古巴图径》2 卷，（清）傅懋元著。《日本新政考》，顾厚琨著。《东槎闻见录》4 卷，陈家麟撰。《海国图志》100卷，魏源著。《环游地球新录》8卷，李圭（小池）撰。