随后，蔡元培又在朝考中列名第一等，被点为翰林院庶吉士。本科同充庶吉士的有张元济、汤寿潜、方家澍、屠寄、王得庚等95人。在当时众多的青年学子中，蔡元培深得上层士大夫的赏识。在五月初一至三十日期间拜谒本科殿试正考官户部尚书翁同龢的新门人众多，翁对其中的大多数人都无特别印象，只在《日记》里简单地写“新庶常来者八九人”, “新门人两人来见”，无姓无名；有的则有姓无名，如“刘生、屠生来”，即使状元、探花，也只写“刘福姚来见”, “陈生伯陶来”，均无按语，惜墨如金。唯独在6月1日蔡元培来访那天的日记中，特加沉重记录，写道：“新庶常来见者十余人，内蔡元培，乃庚寅贡士，年少通经，文极古藻，隽材也，绍兴人，号鹤青，向在绍兴徐氏校刻各种书。”

按照清制，选为翰林院庶吉士的，还须在庶常馆学习两三年，期满应散馆考试，获优等者，再授职翰林院编修。蔡元培在被选为翰林院庶吉士后并没有留在京城，是年10月即离京回到老家绍兴。第二年6月开始外出访师问友。先由宁波到上海，再乘长江船往南京、镇江、扬州及靖江等地。秋冬间，客居广东，与陈孝兰、陶濬宣、朱一新、徐琪、吴翊寅等论学作文。他曾就那年广东乡试试题《如有王者必世而后仁》作文一篇，深得广东宿儒好评，被称为“洽孰经传，博精群籍，童年下笔，辄如古子。当代之龚定盦也。”  由于庶吉士生活清苦，蔡元培沿途还卖字求钱，以为自己增添一些生活补助。在路过香港时，蔡元培曾因一店主之请，为一个叫元发行的商店写了一副“遇事虚怀观一是，与人和气察群言”的对联。 这副对联不但道出了中国传统的经商之道，而且道出了蔡元培本人的一个性格特征。不过，对蔡元培来说，他这次出游获益最大的还是开阔了眼界，接触了一些新思想、新事物。在客居广东期间，他第一次从陶濬宣、朱一新等人那里听到有关廖季平（平子）、康有为的今文经学及其轶事，并将“廖、康二氏已印行的著作，置行箧中”。

然而，光阴荏苒，庶常馆的两年学习期转眼就要过去。1894年春，蔡元培匆匆结束他的广东之行，回到绍兴，收拾行装，进京应散馆考试。散馆考试通过后，蔡元培由二甲庶吉士升为翰林院编修。至此．蔡元培攀到了科举道路的巅峰。

蔡元培在虚龄27岁时便取得翰林的功名，这在当时传统士人看来，无疑为他飞黄腾达，跻身上层官僚打开了大门。自清朝中叶以降，殿阁大学士、总督巡抚、军机大臣，大多系翰林出身。然而，就在蔡元培在科举仕途上平步青云之时，中国社会正在酝酿重大而深刻的变化，沿续数千年的科举制度在十年后的1905年即告废止。翰林的功名没有给蔡元培带来常人称羡的高官厚禄，却为他有机会重新认识当时的中国社会政治创造了条件，并为他稍后从事教育救国和革命活动提供了可资利用的名望。