瞿秋白在会上很少发言。会议最后决定由他和张国焘起草回复莫斯科的电报。

6月28日，陈独秀在汉口鲍罗廷住宅召开中共中央紧急会议。周恩来、张国焘、张太雷、蔡和森等参加，瞿秋白缺席。会议对于解散工人纠察队和中共中央机关立即转移武昌（不久又迁回汉口）等作出决议。30日，中央机关在武昌布置妥当。当晚，瞿秋白参加了政治局在武昌新机关召开的会议。

和森在武昌布置机关妥当后，翌日黄昏独秀、国焘过来，不久秋白亦偕一驼背毛子（即苏联顾问——引者注）来。是夜开会于武昌之新机关：（1）国焘提议整军经武，注意军事工作；（2）共青团中央来一决议，批评党的中央回避土地革命，独秀大发雷霆，碎之于地；（3）秋白有甚长之书面提议，大约说明湖南农民问题所促进之阶级分化的革命危机，主张土地革命暂时以减租减息、乡村自治、保护佃农等为条件，待有武力再实行没收土地，中心问题，仍在贯彻对国民党左派让步政策······独秀看完秋白之书面提议，深以为然，决定请秋白本此提议起草一正式决议案，于七月一日召集一活动分子会，或中央扩大会。

瞿秋白的“甚长之书面提议”很可能是受鲍罗廷或陈独秀委托而提出的。于是，根据会议决定，瞿秋白将书面提议正式起草成《国共两党关系决议案》，并在决议案中提出国共合作的11条政纲。主要内容有：重申国民党的领导地位，声明共产党人参加国民政府，“并不含有联合政权、分割政权的意义”，并向国民党保证：工农群众组织必须受国民党的领导，他们的要求必须符合国民党代表大会的决议和政府的法令；工会不得干涉店员的解雇、店铺的管理，更不得惩罚店主；店员的经济要求不得超越店主的经济能力；工会和纠察队等必须置于国民政府的监督之下，除非政府允许，不得行使警察职权，如逮捕、审判和巡逻。

这11条政纲，前几条强调维护国共合作的必要性，其余全是妥协退让的具体内容。7月1日，在鲍罗廷的指导下，中共中央举行扩大会议（《毛泽东年谱》说是7月3日召开的），通过了这一议决案和政纲。这是一个“集机会主义之大成”的对国民党全面退却的纲领。但是，它既无法拖住汪精卫集团急剧右驶的车轮，又使中共中央成为革命风浪中一艘迷途的航船。蔡和森说：

这不是秋白同志和独秀同志个人的责任。秋白主持的决议和说明中，不过是两（个）月以来（五次大会后）动摇、犹疑、回避土地革命，向所谓左派让步政策之总结罢了。

瞿秋白自己后来评价说：

这十一条政纲是与国民党左派合作的最后尝试，更后的拉彼，一面逃与避，一面拉与拽。······十一条政纲是集机会主义之大成，亦是机会主义之顶点，过此一往，机会主义自身已崩溃而粉碎，中央政治局也是不能不散伙了。

6月底共产国际发来训令，下决心要调整陈独秀和鲍罗廷。其内容是批判机会主义错误，改组中共中央，调回被解除顾问合同的鲍罗廷。鲍罗廷扣住训令，希望局势能够峰回路转。但是，国际指示的内容逐步在党内传布，国民党已公开准备叛变，接替他的新国际代表已在来武汉的路上。鲍罗廷实在无法继续拖下去了。7月12日，鲍罗廷与陈独秀谈话，表示要执行国际训令。陈独秀一言不发，只点点头。根据共产国际关于改组中共中央指示的精神，鲍罗廷提议：陈独秀、谭平山去莫斯科与共产国际讨论中国问题；瞿秋白、蔡和森去海参崴办党校；指定张国焘、张太雷、李维汉、李立三、周恩来五人组成中共临时中央常务委员会。