当然，史学家追求的历史真实不仅指现象的真实，也指原因的真实。古往今来一切有大成就的历史家都力图透过现象认识本质，在求得历史细部真实的基础上发现历史各个细部之间的内在联系。但这两个认识历史的过程从前后顺序上讲，总是求现象的真实为先，求解释的真实为后。这是因为逻辑思维中的归纳逻辑的路线是由个别到一般，而演绎逻辑的展开只能在归纳逻辑顺利完成之后。所以前者的真实是实现后者真实的前提，历史细部的准确是历史归纳和进一步演绎的先决条件。近代思辨的历史哲学家设计的形形色色的历史模式和所谓规律之所以在现代失去了魅力，就是因为他们普遍对经验的历史缺乏深入细致的考察，造成体系越大，漏洞越多的弊病。因此，旨在求得现象真实的实证方法仍然是史学研究不可替代的第一道工序。

由于顾诚对南明史各个细部（具体的时间、地点、人物和事件）的实证与复原相对真实可信，所以顾诚的第二道工序－－无论是对南明史局部的概括还是全局的概括，便具有了史实和逻辑的双重力量，显示出作者的智慧和洞见。比如他扩大了传统南明史的内涵，抛弃了仅着眼于几个朱家小朝廷的做法，把大顺军余部、大西军余部、郑成功的“海寇”以及其他汉族与少数民族的抗清斗争也纳入南明史，认为如果不是这种抗清力量的大换血，南明政权根本不可能维持20年之久。 

他坚决否定明清的代换具有必然性的成说，指出历史必然性不是上帝的代名词，它只能通过人们主动的历史实践来开辟行进的道路。如果说有历史必然，那也只有一个，就是社会要发展进步，其间穿插着迂回曲折。至于统治王朝的更迭则大抵是偶然因素，只不过人们太习惯于将既成事实当作历史必然了。以明为例，自万历中期以降，覆亡虽不可避免，但有可能接替明的新王朝绝非清一家，大顺政权、孙可望政权均在可能之列，同时也不排除长期分裂的局面。就清而言，八旗兵根本不是什么天兵天将，老弱丁壮不过十万，力量对比起初并无优势。历史给了各方同样的机遇，甚至给了大顺军更多的有利条件，但在这种“博弈”过程中抓住机遇的却只是清军，其因在于它的竞争者犯了更多和更严重的错误，用书中的话说：“汉族各派抗清势力的失败在很大程度上是自己打倒了自己”。作者指出，这样的错误通过历史创造者的主观努力本来是可以避免的，这也正是历史经验和教训具有价值的原因。如果把既成事实误作历史的必然，那等于说封建史籍中所谓“天命眷顾” 的说法是合理的了，而借鉴历史上的成功经验、避免重蹈失败的覆辙也就无从谈起了。从认识论的角度说，顾诚强调人的能动作用，抛弃传统机械决定论的“必然性”，使用了现代统计决定论的或然性或概率性，这无疑更符合历史实际。 

他一反习见的认识，将清王朝的建立看作是破坏并阻碍了社会生产力进步、打断了中国历史正常的发展进程的一个事件，是中华民族内部一个落后的、人数不多却又十分骠悍的满族的上层人士同汉族中最反动的官绅地主勾结在一起，窃取农民大起义胜利果实的产物。其基本论据为：明中期以前，我国在世界上处于领先地位。中期以后在科学技术等方面虽渐有落后，但到明末为止同西方的差距仍然不大，末代皇帝崇祯还孜孜引进西方科技和新知识。大顺军接管整个黄河流域也对社会生产力几乎未造成破坏，且狠狠打击了严重阻碍生产力发展的贵族官绅势力。如果这一势头不被满族贵族和变节的吴三桂等汉族官绅打断，中国社会将在明代既定的基础上实现较快的发展，近三百来年的历史也许是另一种样子。而清的建立却以全国生产力的大幅度破坏为代价，稳定后的统治虽被人吹捧为康雍乾盛世，但正是在所谓盛世期间，中国同西方社会发展水平的距离越拉越大。换句话说，顾诚认为明清的易代乃是影响中国近现代历史进程的一个重要关节点。当然，他并不否认清王朝的积极历史作用，即“对于多民族国家的奠定起了重要的积极作用。”从而避免了认识的偏颇。