1644年五月，大顺军西撤以后，山东、河北等地的大顺地方政权被明朝官绅颠覆；清军占领了北京附近地区，由于强制推行剃头等政策，京师附近的居民惶惧不宁，许多地方揭竿而起反对清朝的统治。三河县、昌平州、良乡、宛平、大兴、霸州、东安、武清、漷县、天津等地“盗贼”“千百成群”，以至“辇毂近地，几同化外”，连京师所用的西山煤炭也因为道路阻隔无法运入城内。京师内外百姓流言四起，盛传清军将有屠民之举。多尔衮等清廷统治者一再辟谣，安定民心，同时派兵遣将进行扫荡，“辇毂之下，盗贼窃发，及至捕获，少长尽置于法”，连“老稚不能弯弓操刃者”也滥加屠戮。在这种情况下，清廷需要一段稳定自己在京畿地区的统治和养兵蓄锐的时间。何况大顺军尚扼守山西，清廷有所顾忌，不敢轻易以主力南下。因此，畿南、山东和豫东地区在两三个月里处于近似权力真空的局面。

弘光朝廷的按兵不动，给清廷以可乘之机。早在五月十二日，清都察院参政祖可法、张存仁就上言：“山东乃粮运之道，山西乃商贾之途，急宜招抚。若二省兵民归我版图，则财赋有出，国用不匮矣。”同月二十五日，清廷派明降臣方大猷为监军副使招抚山东。六月初四日，又派明降臣王鳌永以户、工二部侍郎名义招抚山东、河南。同月初十日，多尔衮派固山额真觉罗巴哈纳、石廷柱统兵收取山东，十四日派固山额真叶臣领兵收取山西。觉罗巴哈纳、石廷柱先声夺人发出檄文说：“奉摄政王令旨，各调兵马前往山东等处。所过地方官民出郭迎接，违者以抗师治罪。”同时又以平西王吴三桂名义大张文告，云为安抚残黎事称“摄政王简选虎贲数十万南下，牌仰山东等处速速投降”。二十一日，巴哈纳等带领的清军进抵德州。朱帅和参预反叛大顺政权的明朝官绅“仍欲拒命”，不愿归附清朝。只是由于“济王”部下都是些乌合之众，又得不到龟缩于江淮一带南明阁部史可法等人的支援，德州知州张有芳惟恐贻祸地方，到处游说，朱帅等被迫解散部众，拜表归顺清廷。畿南、山东大批州县就这样拱手让给了清朝。

值得注意的是，奉命收取山东的清军不仅兵力有限，而且由于清廷也看出自己真正的对手是大顺军，所以二十九日觉罗巴哈纳、石廷柱报告已平定了霸州、沧州、德州、临清之后，多尔衮并没有叫他们继续南下，而是在七月初三日下令将觉罗巴哈纳、石廷柱部调往山西，会同叶臣部合攻太原等地的大顺军。这两部清军调走以后，王鳌永、方大猷临时拼凑了一些散兵游勇，不仅战斗力单薄，数额也只有几千人。顺治元年七月初三日清兵部右侍郎金之俊报告：“山东全区，并无一贼”，“但目下虽幸无贼，独苦无官”。奉硃批：“□（东）省并无一贼，抚臣亟当推用。这事情吏、兵二部确议速复。”弘光君臣一味偏安江左，毫无进取之意，王鳌永、方大猷仅凭清朝的声威到处接管山东未附各州县。七月十二日王鳌永启本中说：“臣于六月二十九日在德州拜疏后，七月初一日行至平原，值恩县土贼猖獗，恩、平两县相距二十余里，臣因留驻平原二日，遣官安抚。旋以省城（济南）土贼告急，人心汹汹，历城县知县朱廷翰络绎遣人催臣入省。臣随于初四日至禹城，初五日至济南，土贼闻臣至，各望风解散。臣亦分头遣官宣布圣朝德意。即有一二顽梗，地方官自足制之，可以不烦大兵。”下文说第二天（初六日）明权德府事泰安王朱由率领明德藩各郡王宗室具表归降，山东掌印都司苏邦政、济南府推官钟性朴等文武官员、乡绅也纷纷投顺。随后明朝署东昌道事工部主事于连跃以东昌府、临清州归附，青州府通判李懋学、推官彭钦以青州府城归附，而当时“省城营兵尽汰，中原全无，文武佐贰亦缺，无官可遣”。直到八月间山东许多地方仍不愿归附清朝，例如距省会济南仅三百余里的新泰县在大顺政权委派的县令周祚鼎坚持下，六次拒绝王鳌永、方大猷的招降。在这前后山东各地百姓的反清义举此伏彼起，都是一种自发的斗争，从来没有得到南明弘光朝廷的支持。