1917年1月，北京大学校长蔡元培聘请陈独秀到北大担任文学科学长（文学院院长），《新青年》杂志也随之移至北京出版，当时的北京大学即成为中国思想界最活跃的阵地。1919年陈独秀在北京大学发动了震惊中外的五四爱国主义运动，并亲自散发传单，被毛泽东誉为是五四运动的总司令。

1919年6月8日，陈独秀在《每周评论》第二十五号上发表了《研究室与监狱》一文，他说：“世界文明发源地有二：一是科学研究室，一是监狱。我们青年要立志出了研究室就入监狱，出了监狱就入研究室，这才是人生最高尚优美的生活。从这两处发生的文明，才是真文明，才是有生命有价值的文明。”

此语遂成名言。

此时的陈独秀其实处境十分危险，北大校长蔡元培已经于5月9日早晨秘密离开了北京，陈独秀在沪上的朋友也纷纷劝其南下以避锋芒。他却回答说：“我脑筋惨痛已极，极盼政府早日捉我下狱处死，不欲生存于此恶浊之社会也。”

6月9日，陈独秀起草《北京市民宣言》，“交由胡适，把它译成英文”。虽然身为北大文科学长，他还是亲自去中央公园（今中山公园）等地散发这个仅有一页纸的宣言。随后，陈独秀因散发《北京市民宣言》而被捕。

参与散发传单的胡适在《胡适口述自传》中回忆说：“陈氏是在发散他那自撰并出资自印的反政府传单之时被捕的。此事发生在北京城南一个叫做‘新世界’的娱乐场所。那时陈独秀、高一涵和我三位安徽同乡正在该处吃茶聊天。陈氏从他的衣袋中取出一些传单来向其他桌子上发散……我们三人原在一起吃茶，未几，一涵和我便先回来了。独秀一人留下，他仍在继续散发他的传单。不久警察便来了，把独秀拘捕起来送入警察总署的监牢。我直到夜半才有人打电话告知此事。独秀被捕之后，始终未经公开审讯，但是一关便关了八十三天。所幸他的一大群安徽同乡和老朋友们，终于把他于8月间保释出狱。”

不过，陈独秀不是只被关了83天，而是98天。98天的牢狱囚禁，使他第一次体验了“人生最高尚优美的生活”。

而正是这第一次被捕，使北洋政府成为众矢之的，陈独秀成为各阶层人士奔走营救的对象，自此更加声名鹊起。

这一年，陈独秀40岁。