陈长璞撰文说，爷爷的晚年生活，主要由我的父亲，也即他的三儿子陈松年及江津名绅士邓蟾秋叔侄慷慨资助和北大同学会照顾。当时国民党蒋介石、戴笠、陈立年等要员虽在经济上接济陈独秀，但都被爷爷一一退回。蒋介石通过银行汇寄款项，爷爷仍无动于衷，不予采纳。

1938年7月2日，陈独秀乘民权轮入川抵达重庆，出乎陈独秀的意外，来接的人很多，有高语罕、张恨水等人。十余天之前，陈松年已经先期抵达重庆。先住在重庆上石板街，北大同学会委托罗汉照顾陈独秀。

8月初，应同乡及日本留学时同窗好友邓仲纯之邀至江津，1939年1月迁居邓仲纯开设的医院。翌年迁居江津县偏僻的山冈鹤山坪石墙院。

从此陈独秀闭门著述，很少参加政治活动，把主要精力用于继续撰写《小学识字教本》。这期间，陈独秀在生活上受到北大同学会的资助，同他接触最多的是何之瑜（何资深）。何之瑜是陈独秀任北大文科学长时的北大法科学生，他是中共早期的高级干部，此时在江津的国立九中任教。在学术研究方面，此时与陈独秀来往最多的是台静农和魏建功。

1942年5月12日中午约12时，陈独秀又像往常一样，用水泡制蚕豆花茶水，饮用半小杯后腹胀。蚕豆花泡茶水偏方是医生介绍的，据说喝了可治高血压。但陈独秀所用蚕豆花中，有部分已经发了霉，用开水泡过后，汁水成黑色，味道也不正。原来蚕豆花采摘时曾遇雨，晾晒了好几天才干，因此陈独秀喝完中毒。第二天清晨，陈独秀抱病写下“最后的政治意见”的最后一篇文稿《被压迫民族之前途》。同日，有朋友来访，中午吃了四季豆烧肉过量，夜里难已入睡的陈独秀到半夜开始呕吐，吐后病情稍有好转。至17日，头晕目眩、多次昏厥。第二天，陈独秀派人去找何之瑜和邓初，他们两人以及陈松年赶来探视。如此挨到23日，有江津的两位西医前来出诊，“施行灌肠，大便得通，然病情仍未少减”。至此，陈独秀自知来日无多，至25日，他交代遗嘱。

1942年5月27日中午，陈独秀陷入昏睡，强心针和平血压针均无效，至晚上9时40分，陈独秀逝世，终年64岁。潘兰珍、陈松年夫妇、孙女长玮和长玙、侄孙长文、何之瑜、包惠僧都围在了陈独秀的身旁。弥留之际，陈独秀嘱咐潘兰珍“今后一切自主，务求自立”。

陈松年回忆说：“潘兰珍待我父亲很好，在父亲的晚年全靠她料理服侍。她平时在家很少言语，做事勤快利落，不亏是个工人出身。我们家人对她也很尊重，我们尊之为母，我儿辈呼她二奶奶。我祖母称她二娘子。”

在江津寓居时期，陈独秀并没有置身世外。陈长璞说，爷爷时刻关注着国家和民族的前途与命运。多次举办演讲会、撰写文章，宣传抗日战争的意义，激发广大知识青年的爱国主义精神；并于晚年完成了文学方面的最后一部著作《小学识字教本》。