1937年，由于抗日战争的爆发，国民党释放政治犯，陈独秀于当年被南京高等法院提起释放，他在狱中被关押了五年。1937年8月21日，司法院下发了陈独秀减刑的公文，称：“该犯入狱以来，已逾五载，近以时局严重，爱国情殷，益深自悔悟……将该犯陈独秀原处刑期减为执行有期徒刑五年，以示宽大。”陈独秀对这一说法非常生气，出狱以后立即给《申报》编辑部写信：“谓我‘爱国情殷，深自悔悟’，爱国诚未敢自夸，悔悟则不知所指……我本无罪，悔悟失其对象，罗织冤狱，悔悟应属他人。”

出狱后，老友胡适劝他去美国做“寓公”，蒋介石请他出任国民党劳动部长，均被他拒绝。国民党政府又出资10万元请他另立“共产党”，参加国民政府，陈独秀未被利诱。

蒋介石让国民党中央组织部长陈果夫出面，请陈独秀当劳动部长，以每年10万元经费和国民参政会5个名额为筹码，由国民党中央秘书长朱家骅出面，要陈独秀组织一个新的共产党。陈独秀听后表示：“蒋介石杀了我许多同志，还杀了我两个儿子，关了我5年牢，我与他不共戴天，现在大敌当前，国共合作，既然国家需要他合作抗日，我不反对他就是了，要我组织新共产党，要我参加政府，真是异想天开！”

1937年七七事变后，国际国内形势发生了根本的转变。陈独秀出狱后，审时度势，批评了托派的极“左”主张，宣布与托派决裂，拥护国共合作，拥护中共的抗日纲领，积极投入全民族抗战行列。

陈独秀出狱之时，日军正在进攻上海。上海的托派有人要陈独秀去上海重振“党组织”。陈独秀说：“我的意见，除陈独秀外，不代表任何人。我要为中国大多数人说话，不愿为任何党派所拘束。”

1937年9月9日，陈独秀乘船离开南京赴武汉。