针对这种情况，曾国藩不得不小心翼翼、谨慎用兵，可这样一来，一年多时间过去了，战场上他不但没有取得任何成效，相反形势越发严重了；而相比之下，捻军势力倒越来越大；再加上其间僧格林沁被捻军击毙，曾让满族人骄傲的八旗兵算是彻底地灰飞烟灭了，这也让清廷面子大丢，这一切自然让朝廷对曾国藩极为不满。1866年10月，捻军又在开封大破湘军战线，一时间，曾国藩面临着不可收拾的局面，随即一病难起，以至11月，他不得不以“病难速痊”及“剿捻无效”向朝廷递交了“请罪书”，同时希望朝廷能调李鸿章前来帮忙。可是没想到，朝廷的决定让曾国藩脸面大丢——并不是让李鸿章来帮忙，而是任命李鸿章为钦差大臣，彻底取代了他。

而这对于李鸿章来说无疑也是左右为难，若服从朝廷的安排，一是意味着刚坐热的两江总督的位置将失去，且一旦剿捻失败，说不定就会就此永远失去；二是意味着将会就此得罪恩师，使其认为自己硬生生地抢了他的位置，不仁不义——他已听到曾国藩放出话来，说是准备告老还乡；三是这捻军本也并不好对付，这钦差大臣原本也并不好当，一旦清剿失败，老师的例子就摆在这儿，就是自己的前车之鉴！但是如果不服从朝廷的安排，那后果之严重，自然也是不难想象的。

但是李鸿章的左右为难似乎只是一瞬间，很快他就决定要去为恩师擦这个实在有点难擦的“屁股”，快得有点让曾国藩难以接受：李鸿章派人去曾国藩那儿取钦差大印，正卧病在床的曾国藩无奈地说，“这么快就要拿走了，我还以为能办个交接仪式哩”！不过李鸿章倒也并没有忘恩负义，此前他就向朝廷递上一折，力请曾国藩回到两江总督任上，并称曾若不回任两江，前线剿捻的湘淮军，饷粮的供应就难以得到保障。清廷果真也听了李鸿章的建议，让曾国藩回任两江总督，曾的面子多少也可算是保住了一点。