1942年5月25日上午，身处四川江津的陈独秀感到自己不行了，于是向众人留下遗嘱。他请何之瑜将自己的书送给北大，并且把自己的书稿托付给何之瑜、陈松年商量处理。随后，又看着跟随他多年的潘兰珍，说她还年轻，请何之瑜为她找一份工作，“莫拿我卖钱。遇到合适的，再找一个人，今后一切自主，生活务自立”。潘兰珍此时已泣不成声，满脸泪水，点头答应了。最后，陈独秀叫潘兰珍去喊陈松年进来，嘱咐他说：“以后回家，把我的棺木和祖母的棺木都带回去。”陈松年哭着答应了。

1942年5月27日，包惠僧赶到了江津县鹤山坪来见陈独秀最后一面。陈独秀一整天昏迷不醒，直到晚上，潘兰珍喊包惠僧进去，扶起陈独秀，告诉他包惠僧来看望他了。陈独秀似乎还有知觉，但最终没能睁开双眼再看一下这位老友。

陈独秀是新文化运动的旗手，五四运动的总司令，中国共产党的主要创始人之一，第一次国共合作的主要倡导者，居功至伟，彪炳史册。

1945年4月21日，毛泽东代表党中央在《中国共产党第七次全国代表大会的工作方针》讲话中，给陈独秀以很高的评价：“关于陈独秀这个人，我们今天可以讲一讲，他是有过功劳的。他是五四运动时期的总司令，整个运动实际上是他领导的，他与周围的一群人，如李大钊同志等，是起了大作用的。……我们是他们那一代人的学生。”“那个时候有《新青年》杂志，是陈独秀主编的。被这个杂志和五四运动警醒起来的人，后头有一部分进了共产党，这些人受陈独秀和他周围一群人的影响很大，可以说是由他们集合起来，这才成立了党。他创造了党，有功劳。”“关于陈独秀，将来修党史的时候，还是要讲到他。”中华人民共和国建立以后，毛泽东视察安庆时还称赞过陈独秀早期对传播马列主义是有贡献的，后期犯了错误，类似俄国的普列汉诺夫。