4月，朱培德派朱德率军官教育团到赣东的临川、崇仁、宜黄等地剿匪。随后一个多月，他采取“剿抚兼施，各个击破”的策略，实施“先投降者免罪，顽固逃窜者严惩”的政策，平息了匪患，又发展了农民运动。5月，朱培德转向反革命，下令“礼送共产党员出境”，随即下令在江西全省停止工农运动。接着，各革命团体被查封，大批共产党人被押送出境。6月中旬，得知南昌形势严峻的朱德，匆匆赶回。为保存革命力量，他果断决定让军官教育团第一、第二营学员提前结业，只留下第三营学员继续学习。毕业的学员大部分回到扩编的第三、第九两军，其余分到赣江流域各县做工人运动和农民运动的工作。同月下旬，朱培德也以“礼送”的名义要朱德离开南昌。朱德后来回忆说：“我因为平素与朱培德他们感情还好，而博得一个‘欢送’。”不久，朱德离开南昌，经九江转往武汉。

7月20日中午，朱德乘江轮抵达九江。他下船后，直接到赣北警备区司令部去见国民革命军第五方面军第九军军长兼赣北警备区司令金汉鼎，他们是多年共患难的老朋友。朱德向金汉鼎分析了目前的形势和今后革命发展的趋势，劝金汉鼎说：“在江西的这班人都是灰色的，不愿革命了。我们一同到广东去建立新的革命根据地。”金汉鼎后来说，当时因为他有阶级偏见，没有答应朱德的要求。

21日，朱德到达南昌，立即着手投入紧张的暴动准备工作。赵镕回忆道：“几天来，他肩负党的重托，紧张地开展活动，从早到晚忙个不停。他一方面要与地方党的同志密切联系，共商大事；另一方面还要和敌方上层人士，特别是国民党南昌驻军的高级军官广为交往，通过各种方式，加紧对他们进行争取工作；同时在交往中密切注视敌人的动态，了解敌军人员、武器、装备以及城防部署、火力配备等情况。每天深夜归来，他继续伏案挥笔，绘图标记。为了起义的胜利，他不辞辛劳，夜以继日、废寝忘食地工作着。”此外，朱德还利用他的特殊身份和社会关系，租了位于南昌市中心的江西大旅社，作为中共中央一些人员落脚的大本营。

27日，奉中共中央之命负责发动并领导南昌起义的周恩来来到南昌，当晚住进花园角2号的朱德寓所。周恩来是24日晚乘船离开武汉前往九江的，由于这次行动是极端机密的，所以他在临行前对邓颖超同样守口如瓶。据邓颖超后来回忆，周恩来直到“要离开武汉的时候，在晚饭前后才告诉我，他当晚就要动身去九江。去干啥，待多久，什么也没有讲。我对保密已成习惯，什么也没有问。当时，大敌当前，大家都满腔仇恨。我们只是在无言中紧紧地握手告别。这次分别后，不知何日相会。在白色恐怖的岁月里，无论是同志间、夫妇间，每次的生离，实意味着死别呀！后来还是看了国民党的报纸，才知道发生了南昌起义。”周恩来走后，恽代英、彭湃、刘伯承、聂荣臻、吴玉章、徐特立、林伯渠和李立三、谭平山等人也相继到达南昌。