慈禧太后向来厌恶光绪，甚至不愿为他立嗣，而谋立载漪之子为储君。载漪在府中备好茶点，等待各国公使前来祝贺，不料连续三日无一人至；因为各国对此大有意见。从这之后，载漪痛恨洋人，常对人叹息道：“我见中国小说中，常有剑仙侠客，为何现在没有呢？”或问何意。他答道：“我愿借其力杀尽洋人。”有人便说：“剑仙侠客不过能杀一二洋人。若要尽杀洋人，不如用拳团。”闻得此言，载漪便屡屡向慈禧进言，要求起用义和团抗拒洋人，于是在其蛊惑之下，慈禧下诏以团民抗洋，终于酿成庚子之乱。

光绪帝临死之时，他不言不语，用手在空中写字。殿内挂有一幅《宋司马光谕人君用人之道》立轴，跋文是：“光绪丙午十月上浣录，臣全忠敬书。”还有一些匾额斗方之类，下款都写着“臣全忠敬书”。其实这都是光绪的御笔，之所以这样写，是因为光绪试图以对慈禧太后称臣，表明自己忠于慈禧太后的心迹，来换取慈禧的谅解。可此时，慈禧太后又怎么能让光绪再次亲政呢？究光绪帝病情自二十四年逐渐加剧，终致不起之缘由，实与戊戌变法失败有着直接的关系。光绪被囚禁在瀛台后，慈禧太后曾欲废之而另立他人。光绪也知其用心，日夜担惊受怕。后来由于种种原因，此举虽未能实现，可光绪也难脱囚禁的牢笼。明知岌岌可危，亦只有坐以待毙，心中十分忧伤。他曾仰天长叹：真不如汉献帝也！因而病势日渐加重，最终归天。

光绪皇帝虽在宫中由慈禧抚养，处境十分可怜。据宦官寇连材之笔记中说：“中国四百兆人中境遇最苦者，莫如我皇上。盖凡人当孩童时无不有父母以亲爱之，顾复其人，料理其饮食，体慰其寒暖，虽在孤儿，亦必有亲友以抚之也。独皇上五岁登极，登极以后，无人敢亲爱之，虽醇邸之福晋，亦不许亲近，盖限于名分也。名分可以亲爱皇上者，唯西后一人。然西后绝不以为念。故皇上伶仃异常，醇邸福晋每言辄涕泣云。”

庚子年，清廷对外国宣战，西太后发布的“宣战”上谕称：“近畿及山东等省，义兵同时不期而集者，不下数十万人，下至五尺童子，亦能执干戈以卫社稷。”同日，还发布了嘉奖团民的上谕：“所有助战之义和团民不用国家一兵，不縻国家一饷”，“仰托祖宗之昭鉴，神圣之护持，使该团民众一心，有此义勇”。

曾任清廷外务部右侍郎的伍廷芳在1904年就对日本公使内田康哉透露光绪皇帝必定会死在慈禧太后之前。内田康哉问伍廷芳：当皇太后驾崩后皇上会如何？据《内田报告》：“伍言道：亦如世间传闻，诚为清国忧心之事，万望无生此变。伍话中之意，皇太后驾崩诚为皇上身上祸起之时。今围绕皇太后之宫廷大臣，及监官等俱知太后驾崩即其终之时。于太后驾崩时，当会虑及自身安全而谋害皇上。此时，万望能以我守备兵救出皇帝。”